El monestir té els seus orígens, segons la tradició, cap a finals del segle VIII. Els germans Libenci i Assenari amb la seva família, servents i altres homes van fundar el cenobi, essent Libenci el primer abat. Un cop establert el monestir, van començar a fundar parròquies per tota la vall. Guiemund, fill d'Assenari, va succeir al seu oncle i al seu pare en la direcció de la comunitat. El creixement i la influència que va adquirir el monestir van provocar nombroses disputes amb el comte Alaric d'Empúries. En l'any 844  Guiemund va anar a Sant Serni de Tolosa per demanar la intercessió del rei Carles el Calb, que es trobava assetjant la ciutat. Així doncs, el monarca va signar un precepte pel qual es confirmava que el cenobi havia estat fundat amb el vist-i-plau de Carlemany. 

D'aquest temple encara es conserven alguns elements de la seva capçalera, situats en l'extrem est del claustre, junt al braç sud del transsepte actual.

En aquest sector veiem una petita estança, que encara conserva part de la seva volta de canó. Es tracta de l'absis dret de la basílica pre-romànica, de planta rectangular i en el que s'obre una petita finestra en el seu mur est.  Aquest absis es comunicava amb l'absis central mitjançant un petit arc de mig punt, avui parcialment cegat.

L'absis principal era de planta semicircular o de ferradura i tenia grans dimensions. D'ell només ens ha arribat part dels seus fonaments, situats just al darrera de l'absis dret de l'església actual.

L'absis estava envoltat per un deambulatori, del que s'ha conservat un petit fragment al costat de l'absidiola sud.

Tots aquests elements van ser construïts amb opus spicatum i van ser reaprofitats com a dependències monacals.

Durant el segle X el monestir va augmentar els seus dominis i poder, en gran part gràcies a les donacions dels comtes d'Empúries, el que va comportar una ampliació del cenobi. L'any 935 el bisbe de Girona va consagrar la nova església dedicada a Sant Quirze, Sant Andreu i Sant Benet. El poder del monestir va seguir creixent, amb els conseqüents litigis amb els comtes d'Empúries. En 1132, amb Berenguer com a abat, es va consagrar l'actual temple.

En 1242 l'abat Bernat Guerau va comprar, per 4.280 sous melgoresos, a Ramon d'Empúries el terme de Rabós, en el qual passà a exercir jurisdicció civil.  Uns anys més tard, en 1255, el comte Ponç IV va vendre al monestir les possessions que encara conservava a la vall de Sant Quirc.

En 1285 les tropes de Felip l'Ardit acamparen al costat del monestir, tot preparant l'assalt al port de Roses i amb la intenció de conquerir Catalunya. Les tropes franceses havien estat aturades al coll de Panissars per l'exercit del rei Pere el Gran i van buscar un pas alternatiu. Algunes fonts afirmen que foren els mateixos monjos de Sant Quirze els que van ajudar als francesos a creuar els Pirineus.

Pocs anys més tard, en 1288, el cenobi va patir una nova invasió, en aquest cas per part de Jaume de Mallorca al capdavant de tropes franceses. En aquest cas la invasió va provocar greus danys en el monestir i la pèrdua d'elements litúrgics.

A partir del segle XV va començar el declivi del monestir, que es va agreujar l'any 1592 quan passar a dependre del de Sant Pere de Besalú. Segons defensa Joan Badia i Homs, estudiós de l'arquitectura medieval empordanesa, en 1598 l'abat de Besalú va cedir l'ús del cenobi a la família Mallol, que tenia un mas al costat. És a partir d'aquest moment i no amb la desamortització del 1835, que el monestir passa a mans privades. El descendent de la família Mallol defensa també aquesta teoria, si bé la web de patrimoni de la Generalitat de Catalunya i altres fonts consultades defensen que el monestir va ser subhastat i el va adquirir el general empordanès Ramon de Nouvilas i de Ràfols. La família Nouvilas es va emparentar amb els Mallol l'any 1705 i des d'aleshores van ser el propietaris del cenobi, segons defensa l'actual descendent.

Sigui com sigui que el cenobi va arribar a la família Nouvilas, el que si està documentat és que en 1994 els seus descendents el van vendre a l'Ajuntament de Rabós pel simbòlic preu de 1.000 pessetes. Des d'aleshores s'estan portant a terme diverses campanyes de restauració per tornar-li la dignitat que es mereix aquest monument medieval.

L'església és de planta basilical amb tres naus acabades en un transsepte destacat, en el que s'obren tres absis semicirculars.

Per la part exterior els absis estan decorats seguint els cànons llombards  amb arcs cecs i lesenes.

El temple es va construir aprofitant bona part del temple construït en el segle X. Aquest també tenia tres naus i tres absis, si bé els laterals eren rectangulars. Durant les excavacions realitzades a finals del segle XX es va descobrir la capçalera d'aquesta església, que s'ha deixat a la vista.

L'absis principal està decorat amb cinc arcs, que descansen en un alt podi. Els seus capitells són llisos i destaquen per la seva rusticitat. En l'arc central s'obre una senzilla finestra de mig punt i doble esqueixada.

Els absis laterals no tenen aquesta decoració. En 2006, durant les obres de restauració que s'estan realitzant, van sortir a la llum restes de pintures murals en l'absis sud.

Malgrat el seu greu estat de degradació, encara podem veure la mandorla en la que hi havia asseguda una majestat.

A banda i banda trobem el sol i la lluna i dos àngels. El del costat esquerre està molt fragmentat, mentre que el del costat dret s'ha conservat en força bon estat.

En un nivell inferior encara es pot veure part de l'apostolat, que es distribuïa a banda i banda de la finestra.

Completen la decoració pictòrica conservada uns fragments situats en l'intradós de l'arc triomfal.

Posteriorment, entre l'absis principal i l'absidiola sud es va construir una petita capella a la que s'accedeix per un arc apuntat.

La nau principal està coberta amb volta de canó, reforçada per arcs torals. Aquestes estan adossats als pilars rectangulars on es recolzen els arcs formers de mig punt que separen les naus.

Les naus laterals, molt estretes,  estan cobertes amb una volta de quart de cercle.

Al segle XII es va enfonsar la part nord-oest del temple. Aleshores es va optar per no reconstruir aquest espai i es va reduir la llargada del temple, construint una nova façana a l'alçada del primer arc toral.

La nova porta és de factura molt senzilla, amb un doble arc de mig punt en gradació, llinda i timpà.

Coronen l'actual façana les restes d'un campanar de cadireta.

De l'antic mur oest només es conserva un petit fragment en l'angle sud-oest. En ell podem observar diverses filades fetes amb opus spicatum i les restes d'una obertura de mig punt, parcialment cegada.

L'únic fragment que queda en peu del claustre és el que està adossat a l'església. La construcció és del segle X, coetània de la basílica consagrada en l'any 935. Tenia planta quadrada de petites dimensions. Ben entrat el segle XII es van reformar les altres tres galeries del claustre d'acord amb les tendències de l'època. Els encaixos de les bigues que podem trobar en el mur de ponent ens fan pensar que aquestes noves galeries es van cobrir amb coberta de fusta, el que explicaria que no s'hagin conservat. En aquest cas tenien capitells esculpits, que van ser espoliats durant l'època d'abandó del monestir.

Només s'han conservat dos capitells, que fins fa uns anys estaven reaprofitats en les finestres de l'abadia. En la meva darrera visita, en maig del 2011, aquests ja no hi eren. La versió oficial és que els conserva la família Nouvilas amb el compromís de retornar-los al monestir quan es construeixi un museu que en garanteixi la seva conservació i n'eviti l'espoli.

En la galeria que s'ha conservat podem veure dues grans finestres geminades. Les petites columnes destaquen pel seu color blanquinós, ja que estan fetes amb pedra calcària. Els seus capitells són de tipus mensuliforme, de gran rusticitat. La galeria encara conserva part de la seva volta de quart de cercle. Un mur de factura posterior divideix la galeria, que previsiblement serà enderrocat durant les obres de restauració que s'estan portant a terme.

De la resta de dependències monacals romàniques s'ha conservat ben poca cosa. L'edifici més interessant es troba en el sector de ponent. Té una planta rectangular molt allargada i coberta amb una volta apuntada. Aquesta es va esfondrar parcialment i es va decidir construir un mur que separava el sector on encara es conservava la volta del que l'havia perdut.

Sembla ser que aquesta estança era el refetor del monestir, però alguns historiadors afirmen que les seves dimensions eren massa grans per ser només el refetor i probablement estava dividit en diverses  estances, entre elles el dormitori. Totes aquestes opcions s'hauran de confirmar o desmentir durant les obres de restauració que s'estan duent a terme, en que es retirarà el mur que divideix l'estança i es refarà la coberta en aquell sector en que es va ensorrar.

Malauradament aquesta restauració no ha estat tot "l'elegant" que un espera en aquest tipus de monuments, si més no des de l'exterior.

A migdia hi trobem un edifici de grans dimensions. Va ser edificat en els segles XIV o XV, sobre altres estructures més antigues. Era el palau de l'abat.

L'estança inferior està coberta amb una volta de canó, reforçada amb dos arcs torals adovellats.

En la façana sud s'obren dos grans finestrals gòtics amb finestres biforades, que fins fa poc conservaven dos capitells reaprofitats del claustre romànic del segle XII. Aquest edifici era utilitzat com a habitatge durant els anys en que el monestir va ser una propietat privada. Això ha provocat que es mantingués en peu, però amb nombroses modificacions. Durant els anys que el cenobi va estar deshabitat es va robar un tercer capitell.

En l'esplanada que hi ha al darrera de l'absis es trobava el pati d'armes del monestir. Cal recordar que des del segle XIV el monestir tenia poder civil i religiós sobre la zona. En aquest sector és on es conserven alguns dels elements amb que va ser fortificat el cenobi.

L'element més destacat és la torre angular de planta rectangular. Inicialment estava coronada amb merlets, que es van eliminar per augmentar la seva alçada i construir la coberta actual. A uns vint metres cap al sud hi havia una altra torre de característiques similars, de la que només es conserva la seva base.

La torre s'uneix al braç nord del transsepte per un llenç de muralla d'un trenta metres de longitud. Malauradament l'alçada del mur que s'ha conserva és molt petita, però encara s'hi poden veure nombroses finestres en forma d'espitllera.

Un mur paral·lel a aquest formava la façana que donava al pati d'armes. El seu estat de conservació es irregular, conservant-se millor el sector més proper a la capçalera de l'església. En ell s'obren dues portes amb un arc de mig punt adovellat.

En els darrers anys s'ha retornat la pica baptismal al monestir, datada a finals del segle XIII o principis del XIV. La part més baixa és llisa, mentre que la superior està esculpida amb un fris en el que podem veure alguns elements vegetals.

Just al davant podem observar l'antiga església parroquial de Santa Maria.

Al nord d'aquesta església trobem les restes d'una edificació que podria ser l'hospital del cenobi, construït en 1348 extramurs del monestir.

Des d'aquí voldria agrair la deferència que l'Ajuntament de Rabós d'Empordà ha tingut amb aquesta pàgina web, permetent-nos l'accés al monestir durant les obres de restauració, per tal de poder fotografiar l'evolució de les obres que s'estan portant a terme.