Les primeres notícies del lloc de Fontanilias daten de l'any 959, quan el comte Gausfred d'Empúries va confirmar a un tal Riculf una sèrie de propietats, una de les quals es trobava en aquesta vila. Del castell, en canvi, no tenim cap referència històrica, si bé la tradició popular anomena com puig del Castellot el petit turó on es troben les minses restes d'aquesta fortificació. Això ens fa pensar que efectivament va existir un petit castell o una casa forta.

Recentment s'ha netejat l'espai deixant a la vista unes restes de murs de gairebé dos metres d'alçada en punt més alt. Estan fets amb pedres petites, lleugerament desbastades i lligades amb abundant argamassa.

Fins fa uns quants anys encara es podia veure el traçat d'una torre circular, avui totalment desfigurada.

En el sector est veiem clarament com els murs del castell s'alçaven directament sobre la mateixa roca. En aquesta zona encara hi predomina la vegetació, ocultant parcialment les poques filades de carreus que han sobreviscut al pas dels anys.