Les primeres notícies d'una edificació religiosa en aquest indret les podem trobar en un diploma del rei Lotari (954-986) en el que es parla d'un petit habitacle amb la seva església dedicada a Santa Maria.

Pels volts de l'any 1060, el prevere Pere Rigall, cuidador de l'església, convida a uns clergues a viure-hi en comunitat. Gràcies a diferents donacions, l'any 1080 va iniciar-se la construcció d'un nou cenobi. L'onze de novembre del 1100 va ser consagrada l'església.

En l'interior de la nau es conserva el sepulcre de Pere Rigall.

També es conserva l'urna on estan dipositades les despulles del rei Alfons I.

Durant els segles XII i XIII la canònica va anar augmentant el seu patrimoni i el seu poder que perdurà fins el segle XV. El 1295 s'hi va casar el rei Jaume II amb Blanca d'Anjou. A finals del segle XIV el rei Pere III el va posar sota protecció reial i uns anys abans va autoritzar la construcció de les defenses del monestir.

Al costat de la façana es pot observar el campanar de torre d'estil llombard (segle XII).

Té planta quadrada i tres pisos d'alçada. A cada pis podem trobar una finestra geminada de mig punt per cada costat. A sobre cada finestra hi ha quatre arcs cecs i un fris de dents de serra, que fa de separació entre pisos. La teulada es de quatre vessants. 

Originàriament es va projectar fer un altre campanar flanquejant l'entrada, però no es va arribar a realitzar mai.

L'església, del segle XII, té planta basilical amb tres naus acabades en tres absis i un petit transsepte.

La nau central està coberta amb volta de canó, reforçada per quatre arcs torals.

Aquests arcs es recolzen en columnes adossades als pilars. Les naus estan separades per arcs formers de mig punt recolzats en semicolumnes adossades als pilars.

Les naus laterals tenen volta de quart de cercle.

Els tres absis estan decorats per la part exterior amb un fris de dents de serra, sota la cornisa.

Té la mateixa decoració l'arc que ressegueix la finestra de l'absis principal.

En tots tres absis, podem veure dues etapes constructives. Aquesta diferència és més evident en l'absis principal, on en la seva part inferior es van construir uns pilars adossats, probablement amb la idea de dotar-lo de la decoració típica de l'estil llombard a base de lesenes i arcs cecs.

Pel que fa a l'interior de l'absis central, si que podem veure set arcs cecs recolzats en columnes.

Els seus capitells tenen una talla molt simple.

Els absis laterals són més austers i no tenen cap tipus de decoració.

Els capitells del temple són llisos a excepció, com ja hem vist, dels que decoren l'absis principal i també el que trobem en el costat oest del braça sud del transsepte. Té esculpits motius vegetals molt simples.

En l'angle sud-oest trobem la pica baptismal monolítica i sense decoració. Sorprèn trobar una pica baptismal tan austera en en temple d'aquesta importància.

La porta actual és del segle XVIII i havia de ser monumental per substituir a l'original, però no es va acabar mai.

El claustre per la seva banda, de forma trapezoïdal, destaca per la senzillesa dels seus arcs i capitells simples. Es va construir entre els segles XII i XIII.

Les galeries estan cobertes amb voltes de quart de cercle. Cada galeria està formada per vuit arcs de mig punt recolzades en parelles de columnes o pilars alternant-se uns i altres.

En la galeria est hi ha dos parelles de columnes en lloc del pilar central. És una solució similar a la que podem trobar en el claustre de Sant Pere de Galligants.

A les galeries est, oest i nord podem veure un fris de dents de serra que recorre tot el mur per sobre els arcs.

Els capitells estan decorats bàsicament amb un disseny inspirats en els capitells corintis, però molt més simples. Hi podem veure quatre grans fulles en les cantonades. També podem veure algun capitell més treballat, però seguint la temàtica vegetal.

En cadascun dels angles trobem un arc, que permet la unió de les voltes de quart de cercle amb les que estan cobertes les galeries. Aquests arcs descansen en columnes, algunes de les quals encara conserven els seus capitells esculpits amb motius vegetals simples.

El claustre es comunicava amb l'església gràcies a una porta situada en l'ala nord, prop de l'angle nord-est. Aquesta porta va ser tapiada per construir-ne una altra en 1722, més gran i centrada respecte a la galeria.  La porta original està formada per un arc de mig punt que envolta un timpà i la llinda. Al seu costat hi ha restes d'una capella del segle XVIII.

En el timpà trobem les úniques restes pictòriques conservades al cenobi. Malauradament el seu estat de conservació és molt deficient i en els darrers anys s'ha deteriorat encara més, gairebé impedint per complert identificar els seus elements. Hi havia un Agnus Dei amb la creu dins d'un cercle.  La resta del timpà estava decorat amb un fons vermellós sobre el que hi ha pintats motius vegetals. Hem pujat el contrast i el color de la fotografia per fer més visibles els pocs elements conservats.

Destaquen per la seva simplicitat les altres dependències del voltant del claustre, com la sala capitular i l'antiga sagristia, situades en el costat est.

L'accés a la sala capitular es fa mitjançant una petita porta adovellada de mig punt, flanquejada per dues finestres de similars característiques.

Sobre la sala capitular i l'antiga sagristia es troba el dormitori gòtic, que té una coberta de fusta reforçada per arcs de diafragma apuntats.

En l'ala sud trobem el refetor i al seu costat, en l'angle sud-oest, es trobava la cuina, de la que destaca la seva volta d'aresta, reforçada amb gruixuts nervis. 

En el costat nord trobem una altra gran sala. Inicialment estava destinada a rebost. En el segle XVI es va reconvertir aquesta estança en la capella de Sant Ferriol.  Damunt seu hi ha una sala, que probablement era el dormitori dels llecs.

Al segle XVIII s'afegí al flanc nord de l'església la nova sagristia i la capella dels dolors on fins fa uns anys es guardava una creu d'argent de principis del segle XIV.

Durant l'estiu del 2008, restauradors del Centre de Restauració de Béns Mobles de Catalunya van procedir a restaurar la creu. En separar els medallons per assegurar-ne la seva subjecció es van localitzar uns documents a l’interior de la creu. Es tracta d’uns fragments de documents de finals del segle XIII o principis del XIV, que confirmen l’origen gironí de la creu, ja que s’hi poden llegir termes en català i en llatí, entre els quals destaca una referència a la Seu de Girona. En tornar a la canònica es va col·locar en la capella gòtica dels Rocabertí, ubicada al costat nord del temple, junt al presbiteri.

És la creu processional d’orfebreria gòtica més gran de Catalunya, amb 1,60 metres d’alçada per un metre d’ample de braços. Malgrat que la seva decoració és gòtica, presenta encara la forma típica de les creus romàniques. Està construïda en fusta de roure recoberta per fines làmines d’argent daurat .

Els medallons dels braços estan decorats amb pedres precioses i alguns camafeus reaprofitats d’època greco-romana.

La creu presenta la figura de Crist crucificat amb quatre petits cercles en què s’hi representen els evangelistes al voltant dels seus braços escrivint els Evangelis.

Als dos braços laterals hi apareixen Sant Joan i la Mare de Déu, a la part superior un àngel sostenint el sol i la lluna, parcialment mutilat i a la inferior possiblement Adam o Llàtzer.

També la part posterior és realment interessant. En la part central veiem esculpit un Agnus Dei.

Els medallons dels braços de la Creu estan decorats amb les imatges del Tetramorf.

El segle XV va ser el moment en que es construeix el palau abacial i part de les muralles i fortificacions, per ordre de l'abat Antoni Girgós.

El fet de ser un recinte fortificat va fer que durant les guerres entre el rei Joan II i la Generalitat es refugiessin al monestir tropes.

Fruit de la desamortització, el palau va ser venut a particulars, que en van fragmentar les dependències per fer vivendes. Això va provocar el deteriorament del palau, especialment en les estances que es van anar quedant buides. El sector oest és que ha patit més danys, doncs s'han enfonsat la majoria d'estances.

Des de fa ja alguns anys s'està rehabilitant l'edifici i restaurant les seves sales, per poder-les utilitzar per a fins culturals. Malauradament, la manca de recursos econòmics fa que aquestes obres avancin molt lentament.

Aquestes han començat per les edificacions del sector de llevant, que es van aixecar sobre l'antiga hostatgeria romànica.

La part més interessant és el sector sud.

Un gran portal adovellat es troba al centre de la façana, sobre la que hi ha una imatge de la Verge esculpida.

Destaquen les nombroses finestres gòtiques, que encara es conserven en  totes les façanes.

L'any 1794, durant l'ocupació francesa de l'Empordà a la Guerra Gran, el monestir fou saquejat, les tombes de l'església destrossades i es va perdre la biblioteca i l'arxiu.

Desprès de la guerra civil del 1936, el monestir va ser utilitzat com a caserna, moment en que es comencen a fer obres de consolidació del edifici. A partir del 1948 s'enderroquen les fortificacions situades a sobre de l'església i s'eliminen edificacions afegides del claustre.