El priorat de Santa Maria fou fundat l'any 1053 per Silvi Llobet, senyor de Cervià, sota la regla de Sant Benet. L'església es va dedicar a la Verge Maria, a l'arcàngel Sant Miquel, a Sant Pere i Sant Pau. Dos anys més tard el monestir passà a dependre del de Sant Miquel de la Clusa, en Itàlia. Aquesta dependència es va perllongar fins al segle XVI, quan passà a estar tutelat per Santa Maria de Ridaura. En el segle XVIII es va unir a Sant Pau del Camp, de Barcelona, situació que es va mantenir fins la desamortització de  1835 en que passà a mans particulars. 

L'església, situada en l'extrem nord del conjunt monàstic, té planta basilical de tres naus, capçades a l'est per un transsepte cobert amb volta de canó, que no talla la nau central però si les laterals. En ell s'obren tres absis semicirculars, el central més gran i més alt.

La nau central està coberta amb una volta de canó, reforçada per un únic arc toral, situat a l'alçada del transsepte, en la segona filera de pilars. Aquests tenen planta cruciforme, amb els braços paral·lels a la nau més llargs. Sorprèn veure que l'arc toral és molt més prim que el pilar en que descansa. També és curiós no trobar cap arc toral a l'alçada dels primers pilars. Això pot respondre a diferents etapes constructives i a la poca destresa dels diferents mestres d'obra.

La nau principal té el doble d'alçada que les laterals, un fet gens comú en els temples romànics catalans. La del costat nord està coberta amb volta de quart de cercle, mentre que la del costat sud té voltes d'arestes.

Els absis estan reforçats per uns pilars en forma de lesena. Aquestes formaven part de la decoració dels absis, que no es va arribar a completar, ja no es van fer els arcs cecs que havien de coronar els seus murs.

L'absis central està il·luminat gràcies a les tres finestres que es van obrir en el seu tambor.

En els absis laterals trobem una única finestra de mig punt en la part central.

Totes elles són esqueixades per la part interior. La part inferior té forma esglaonada.

En 1999 es va procedir a restaurar el temple i en començar a repicar les parets es van localitzar diversos fragments de pintures murals, que en 2002 van ser restaurats i consolidats. En l'absis només es van localitzar pintures en l'intradòs de dos de les seves finestres, on veiem franges grogues i vermelles.

Els fragments més importants es van trobar en els murs nord i sud del transsepte. Malauradament el seu estat de conservació és bastant deficient, doncs es van realitzar nombroses perforacions per permetre una millor adherència de les capes de calç que es van anar col·locant al damunt al llarg dels segles. Les pintures estan datades ja avançat el segle XII o principis del XIII.

En el braç sud del transsepte podem entreveure una Crucifixió, que malauradament no s'ha conservat sencera, ni tampoc les escenes que l'acompanyaven. Només s'ha conservat la part superior del Crist, representat amb anatomia molt esquemàtica segons la tradició bizantina.

A banda i banda del cap de Crist veiem unes representacions antropomorfes del Sol i de la Lluna, dins un cercle de color groc.

Completen l'escena sis àngels, disposats en dos grups de tres a continuació del Sol i de la Lluna. En el costat dret només es conserven dos, per que es va obrir una finestra en època moderna.

A l'esquerra i sota el nivell dels àngels, s'entreveu una escena formada per nou personatges. Millor conservat trobem un fragment rectangular de color groc, que es creu podria formar part de la creu de Crist. Una possible escena seria la pujada al Calvari amb Simó de Cirene portant la creu.

En el costat nord del transsepte s'han conservat més fragments pictòrics, però en un estat més dolent.

En la part central observem a la Maiestas Domini, envoltada per les figures del Tetramorf.

A la part superior dreta de Crist veiem a sant Mateu, que porta el llibre de l'Evangeli. A l'altra costat, tot i que força malmesa veiem l'àliga de Joan, que també sosté amb les urpes l'Evangeli.

Sota de sant Mateu veiem el que sembla un lleó que porta un llibre vermell, tot i que molt erosionat. Correspon a la figura de sant Marc. No s'ha conservat pràcticament res del brau de sant Lluc. Amb prou feines s'endevinen les seves potes davanteres, que també sostenen el llibre de l'Evangeli.

A banda de Crist i del Tetramorf, també es van representar escenes del Nou Testament. Malauradament es troben en molt fragmentàries o en molt mal estat de conservació. Podem identificar l'escena de l'Anunciació a la dreta de la Maiestas Domini i el Tetramorf.

El registre inferior segurament s'iniciava amb la Visitació, de la que no s'ha conservat res. A continuació hi hauria el naixement de Crist, del que s'ha conservat la figura de Sant Josep i part de jaç on estaria reposant Maria. Separada per una columna, hi havia una altra escena, pràcticament desapareguda, que els estudiosos afirmen que es correspondria amb la matança dels innocents.

La darrera escena que s'ha conservat tampoc es fàcil d'interpretar degut al seu estat fragmentari. La tesi més defensada és que en aquest espai es representa la resurrecció de Llàtzer, tot i que no tots els estudiosos la comparteixen.

Podem trobar altres fragments de decoració pictòrica en alguns dels pilars del temple. En aquest cas de factura de posterior, vers el segle XV. En el pilar més occidental de la nau nord trobem el que podria ser una altra representació de l'Anunciació.

En un altre dels pilars trobem un personatge, però es troba tant erosionat que és impossible identificar-lo.

També trobem restes de pintura en altres pilars. En aquest cas trobem bandes roges i grogues com les de les finestres de l'absis principal.

Un altre dels elements interessants d'aquest temple el trobem en el sector occidental de la nau sud, on es conserva el paviment fet amb còdols, que tracen elements decoratius de tipus geomètric.

En el mur nord es conserva el sepulcre de Beatriu de Cervià, morta el 1333.

La porta principal del temple es troba en el mur oest. Té la forma característica de les portes gironines del segle XII, formada per una obertura rectangular sobre la que trobem una llinda i timpà llisos, emmarcats per dos arcs de mig punt adovellats, l'exterior protegit per un senzill guardapols. En el timpà s'esculpí amb posterioritat un escut. La porta, tot i que la fusta correspon a la darrera restauració, encara conserva la forja de tradició romànica amb tiges acabades en volutes.

En el mur nord trobem una altra porta, de menors dimensions, formada per un senzill arc de mig punt. Es creu que aquesta porta comunicava amb el cementiri dels monjos. Durant segles ha estat cegada, però durant la darrera restauració es va tornar a obrir, convertint-la en una finestra.

En el mur sud trobem una porta de les mateixes característiques, que comunica el temple amb el claustre.

El claustre està adossat al mur sud de l'església. Es creu que només es van edificar dependències en els costats sud i est.

De les galeries originals només es conserva la del costat nord i una part de la del costat oest. La resta es van reformar durant l'època baix-medieval, suprimint les petites arcades per uns grans arcs de mig punt.

Els porxos de l'etapa alt-medieval estan formats per grups de quatre arcs de mig punt, recolzats en columnes amb els capitells mensuliformes, llisos i amb un collarí en la unió amb el fust de la columna.

En el Museu d'Art de Girona es conserven dos capitells procedents d'aquest claustre, si bé no són de la mateixa estructura i forma dels que es conserven in situ.

En el mur est del claustre es conserva una finestra geminada, avui cegada, que de ben segur comunicava amb una estança noble del cenobi, com podria ser la sala capitular. 

També es conserven algunes de les portes a les diferents estances monàstiques, algunes de les quals han estat restaurades. Destaca la de la cuina, on veiem l'escut dels Cervià.

En l'actualitat el monestir és la seu de l'ajuntament de la vila i també s'hi allotgen alguns serveis socials.

Us volem demanar disculpes per la poca qualitat d'algunes imatges de les pintures. Aquestes van ser fetes durant una visita guiada l'any 2013, amb el temps molt i molt just i amb la il·luminació del temple, que no és la més indicada per poder-ne gaudir correctament. Esperem poder tornar-hi algun dia amb més temps i poder així millorar les imatges.