Ens trobem davant d’un cas típic d’aprofitament d’estructures al llarg dels segles i de transformació dels usos d’aquestes. Entre els segles I aC i el V va existir en aquest lloc una important vil·la romana, probablement dedicada al conreu de la vinya i del cereal. A jutjar per les dimensions dels seus espais termals cal pensar que era una vil·la força gran i d’un elevat nivell econòmic. Malauradament, encara no s’ha pogut determinar la superfície total d’aquest edifici, només estudiat en els voltants de l’església actual.

Al nord del temple trobem les restes de la zona termal, que estava formada per uns vestidors (Apodyterium) situats al cantó oest, una zona de banys d’aigua freda (Frigidarium), on hi havia una piscina semicircular al nord i una zona de banys calents (Caldarium) a l’est, on també hi havia una banyera escalfada per un forn.

En la segona meitat del segle V el model de les vil·les romanes s’abandona i en un moment indeterminat es recupera part dels seus edificis, ja enrunats, per a construir una altra explotació agrícola i una capella cristiana. Aquesta es construeix en la zona dels banys, eliminant les separacions i els paviments romans. Per tant ens trobem amb un edifici rectangular, amb el baptisteri en el sector oest (on hi havia hagut els vestidors romans) i amb l’altar a l’est (en la zona de banys calents). Durant les excavacions realitzades a mitjans del segle XX i principis del XXI es va localitzar el tenant d’altar d’aquest temple.

Per accedir al presbiteri es va construir un arc del que es conserven els seus muntants. En el costat sud podem veure encara la imposta avançada, el que ens fa pensar que era un arc de ferradura.

Cap a la meitat de la nau, en el mur nord, s’obre una gran capella circular. Correspon a l’espai que antigament havia estat ocupat per la piscina termal. Què fa una capella d'aquestes dimensions en un temple més aviat modest? L’absència de sepultures ens fa pensar que no es tractava de cap capella funerària i probablement allotjaria les relíquies d’algun sant (sant Esteve?). De fet es va localitzar en aquest indret un tenant d’altar amb un reconditori. A partir del segle V hi va haver una “febre” per la tinença i pel culte de relíquies de sants i màrtirs, per tant podria ser perfectament factible. Malauradament no tenim notícies antigues d’aquest temple, que ens permetin aprofundir més en aquesta hipòtesis, doncs no el trobem documentat fins l’any 939 quan estava dedicat a sant Esteve. En 1067 tornem a trobar-lo sota aquesta advocació (sanctum Stephanum de villa Filafamis).

El que sembla clar és que era un lloc important del temple, doncs les seves proporcions són considerables comparades amb la resta de l'edifici. Si no hagués tingut una funció important per a la comunitat que assistia al culte en aquest temple, l'haurien eliminat en adaptar els banys als nous usos.  Les úniques tombes que es van localitzar, es van trobar a la nau i no a la capella. estaven just davant de la comunicació entre les dues estances i eren de dos nens, per tant la idea que fos un lloc de veneració de relíquies pren força, davant altres possibles usos.

Tant la nau com aquesta capella, sembla que tindrien cobertes de fusta a jutjar per les dimensions dels seus murs. En el cas de la capella tenia una columna al mig per sustentar la coberta cònica.

S'accedia a aquest temple per una porta oberta en el mur sud. Hi ha qui afirma que hi podria haver una altra porta en el mur oest del presbiteri. La manca de restes arqueològiques en aquesta zona impedeix corrobora-ho.

En algun moment indeterminat entre els segles VII i X, doncs els estudiosos no es posen d'acord, es decideix ampliar el temple pel costat sud, construint una nova nau. La diferència amb altres edificis similars la trobem amb que les dues naus són independents i només es comuniquen mitjançant una porta oberta al davant de la capella circular. Segurament aquesta capella es va dedicar a Santa Maria i d'aquí a que amb el pas dels segles es canviés l'advocació del temple.  Novament se'ns planteja el dubte de per què és mantenen les estructures antigues? Què allotjaven que justifiqués aquesta decisió?

Sigui com sigui, aquesta nova nau estava capçada a llevant per un absis de planta poligonal per l'exterior i de ferradura per dins. Exteriorment ha quedat pràcticament oculta per l'edifici de la rectoria.

No es fins el segle XI o principis del XII que per fi es modifiquen de manera radical les estances més antigues. S'elimina la capella circular i es substitueix per una capella rectangular amb un absis semicircular orientat al nord.

Aquesta nova capella es cobreix amb una volta de pedra, cosa que també es farà a la nau primitiva. Per a la sustentació d'aquestes dues voltes es necessari construir un arc en l'accés a la capella des de la nau.

Aquesta disposició del temple va romandre així durant forces anys, fins que en 1486 els feligresos demanen permís al bisbe per suprimir la nau nord i la capella, doncs havia baixat molt la demografia de la zona a causa de les pestes i les guerres i probablement no podien fer front a futures reparacions. L'eliminació d'aquestes estances va provocar la inestabilitat de la volta que es va haver de reforçar amb contraforts en els murs laterals.

Però no s'acaben aquí els interrogants sobre aquest temple. Si ens fixem en el seu mur oest veiem com la part central presenta un parament diferent als laterals. En un primer moment es va especular amb la possibilitat que tingués un absis en aquest mur, com algunes construccions carolíngies, però les excavacions realitzades entre els anys 2008 i 2009 en aquesta zona, només van localitzar murs de poca entitat d'època romana i nombrosos enterraments. Sembla mes probable que es volgués fer una portalada més important que l'accés que hi havia en el mur sud, però o bé es va enderrocar en algun moment, o bé no es va acabar portant a terme.

L'accés actual al temple és de factura posterior, però es manté en la seva ubicació original en el mur sud de la segona nau.

En el segle XVIII se li adossa una gran rectoria en el costat sud, ocultant bona part de la capçalera.