L'església de Segueró ja apareix documentada a principis del segle XI, en un document de l'any 1001. Setze anys més tard fou donada pel comte de Besalú, Bernat de Tallaferro, al recentment creat bisbat de Besalú. La vida d'aquest bisbat fou efímera i en l'any 1020, quan aquest va desaparèixer, va ser annexionada al bisbat de Girona.

L'església té una sola nau, capçada a l'est per un absis semicircular. En la part central del tambor absidal s'obre una finestra de mig punt i doble esqueixada.

En el segle XV es va sobrealçar el temple, construint unes golfes sobre la nau i doblant l'alçada en el cas de l'absis.

L'absis estava decorat amb un fris d'arcuacions llombardes, dintre de les quals s'obren unes petites espitlleres. Al seu damunt podem trobar un fris de dents de serra i la cornisa de la coberta romànica.

Malauradament aquesta decoració està bastant deteriorada i fins i tot s'ha perdut completament en alguns punts.

L'altra finestra romànica que es conserva es troba en el mur nord, prop del presbiteri.

En el segle XVIII es es va remodelar completament l'interior del temple i també se li van afegir capelles laterals i la sagristia.

També es construeix un cor elevat als peus de la nau on hi ha un orgue de la mateixa època, que necessita una important restauració per retornar-li l'esplendor que un dia va tenir.

De la mateixa època és la pica baptismal, que veiem en una de les capelles laterals.

S'accedeix al temple per una porta oberta en el mur oest.

Està formada per tres arcs de mig punt en gradació, timpà llis i llinda, segons els model de portes del segle XII típiques del Roselló, de l'Empordà i de la Garrotxa.

La porta encara conserva el forrellat i els tiradors de tradició romànica.

Sobre la porta es va obrir un ull de bou de grans dimensions en època barroca. Corona la façana un campanar de torre, que va substituir a un de cadireta.

Dues barbacanes defensaven l'accés al temple, de les quals només se n'ha conservat una.

En l'interior del temple es venera una bella imatge gòtica de la Verge Maria amb el Nen, tallada en alabastre en el segle XIV i policromada, tot i que molt restaurada. La Mare de Déu està asseguda i té al Nen assegut a la seva falda.

L'any 2010 es van col·locar en la paret de l'absis una reproducció de les taules que es conserven de l'antic retaule de Pere Mates. Aquest retaule va ser pintat en el segle XVI i actualment es conserven alguns dels seus elements en el Museu d'Art de Girona.

En el museu es conserven vuit taules d'aquest retaule, dedicades a la vida de la Verge, una referent a la Creació, una al Judici Final i quatre on veiem representats a Apòstols. Malauradament, no s'han conservat les taules centrals, on hi havia representat el Calvari i la Verge, titular del temple.

En la primera escena es va representar l'escena de l'Anunciació.  Al seu costat veiem la taula on es va representar l'Epifanía.

Just sota d'aquestes dues escenes, veiem el Naixement de Jesús i la Resurrecció.

Al costat dret es van representar l'Ascensió de Crist i l'Assumpció de Maria.

Per sota trobem la representació de la Pentecosta i també la Coronació de la Verge.

En el registre inferior veiem a Adam i Eva en el Paradís, envoltats de bèsties i aus, escoltant a Déu.

En l'altre extrem del retaule es representa el Judici Final. Jesús en majestat, envoltat d'àngels que porten els símbols de la Passió,  imparteix justícia. Entre les persones que han rebut la benedicció de Crist, veiem a una que porta corona. Per sota Sant Miquel pesa les ànimes al mateix temps que li clava la llança al dimoni.  Al costat les ànimes del purgatori i en l'angle inferior dret veiem les ànimes condemnades entrant a la boca d'una gran bèstia.

Completen el retaule les imatges dels apòstols Sant Tomàs, Sant Pere, Sant Pau i Sant Andreu.

Si que es conserven en el temple dos elements litúrgics de primer nivell: es tracta del monument del Santíssim i el conjunt d'imatges que es feien servir en el novenari d'ànimes. Malgrat no correspondre's amb l'època medieval, degut a la seva rellevància hem considerat oportú escriure quatre ratlles sobre aquests elements.

El primer està datat en 1747 i servia per allotjar-hi el Santíssim durant el dijous sant. En ell es van representar escenes de la Passió de Crist.

L'altre és una espècie de retaule mòbil que es col·locava en el presbiteri durant les novenes d'ànimes, on es representen les ànimes al Purgatori. Va ser realitzat a principis del segle XIX per Joan Carles Panyó.

També es conserven a l'entrada del temple dues piques, probablement d'olis, si més no la rectangular.