Els orígens d'aquest temple els trobem a principis del segle X, tot i que la primera notícia documentada no la trobem fins l'any 977, en l'acta fundacional de la canònica de Santa Maria de Besalú.  Des d'aleshores l'església apareixerà documentada en nombrosos escrits testamentaris i de compravenda de terres properres, dels segles XI, XII i XIII. A partir del 1598 coneixem molts detalls de la vida de Santa Maria d'Escales, gràcies a un manuscrit trobat providencialment i que es conserva en l'arxiu provincial d'Oix. El seu nom és Llibre d'obra de Nostra Senyora d'Escales. Aquestes anotacions arriben fins a finals del segle XVIII.

Gràcies a aquest document sabem que a finals del segle XVI va perdre la condició de parròquia i va passar a ser una sufragània de Sant Llorenç d'Oix.

Fins l'any 1910 el vicari d'Oix anava fins a Escales per dir missa i per ensenyar catecisme a la casa de Ca l'Ermità, situada just al davant.

Durant la Guerra Civil de 1936 va ser saquejada i profanada, com gran part dels temples de la zona.  Fou en aquest moment quan va desaparèixer la talla de la Mare de Déu.

El temple presenta diverses fases constructives, que van des del segle X fins el segle XIII.

Està format per una sola nau, força allargada i capçada a l'est per un absis semicircular, que és la part més "moderna" del temple romànic.

Algunes fonts afirmen que la base dels murs podria correspondre al temple del segle X. No hi ha discussió al voltant de la datació dels murs laterals de la nau, que van ser aixecats en el segle XI. Presenten una característica única a la Garrotxa, que és el fet d'estar reforçats per arcs formers. 

A més estan distribuïts de manera irregular, ja que en el mur sud n'hi ha quatre, mentre que en el costat nord només n'hi ha dos, però de majors dimensions.

En el segle XII es va construir una galilea als peus de la nau. Sobre ella, en època moderna, s'hi va construir una cambra, avui utilitzada com a refugi de muntanya.

Aquest recreixement de la galilea va ocultar parcialment la torre de campanar, que s'alçava sobre la façana oest  original. És de torre, de planta quadrada, amb una obertura en cada costat, tot i que parcialment cegades, a excepció del mur oest on n'hi ha dues. Una escala de pedra adossada a la part exterior del  mur nord del temple permet accedir a la torre.

L'absis semicircular va ser construït en el segle XIII, substituint a l'anterior capçalera. Aquest el podem observar completament des de l'interior del temple, gràcies a que en les darreres restauracions es va eliminar el cambril fet en època moderna, que en dificultava la seva observació.  En el mur nord, prop del presbiteri s'obre una petita capella, mentre que en el costat sud només queda un arc de mig punt, que probablement també comunicava amb una altra capella lateral, a jutjar per la diferència de carreus utilitzats en aquesta part del temple.

Cinc finestres il·luminen, no amb certa dificultat, l'interior del temple. Quatre estan situades en el mur sud, mentre que la cinquena la podem trobar en la part central de l'absis.