Actualment se la coneix amb el nom de Santa Magdalena de Maià, però antigament fou l'església del priorat de Santa Maria de Jonqueres. Aquest no el trobem documentat en cap text fins al segle XIII, malgrat ser anterior a aquesta data. El lloc de Jonqueres si que el trobem documentat ja a l'any 978. El priorat depenia del monestir de Santa Maria de Vallbona, al bisbat d'Elna. Del priorat només es conserven algunes dependències, convertides en mas, i l'església. 

En el segle XV el temple fou fortificat augmentant l'alçada dels seus murs. En una restauració recent s'han eliminat aquests afegits, retornant al temple la seva alçada original.

L'església va ser començada a construir en el segle XI, tot i que la majoria del temple actual correspon al segle XII o principis del XIII. Està formada per una única nau rectangular acabada per llevant amb un absis semicircular. En el centre del mateix podem veure una finestra de mig punt i de doble esqueixada. 

Sota les teules encara es poden veure algunes lloses de pissarra que formaven part de la teulada original. Aquestes es recolzen en una motllura esculpida amb motius geomètrics, boles i una cara humana.

En els murs lateral també trobem aquesta motllura esculpida amb els mateixos motius.

La nau està coberta amb una volta apuntada.

El tram presbiterial, en canvi, està cobert amb volta de canó i l'absis amb volta de quart d'esfera. 

El temple tenia dues portes d'accés. La principal es troba en el mur oest. Està formada per un senzill arc de mig punt adovellat i bastant matusser.

La porta encara conserva el forrellat d'època romànica.  

En travessar la porta trobem un petit passadís cobert amb volta de canó.

Sobre la porta trobem l'element més interessant de tot el temple. Es tracta d'una finestra de mig punt, decorada amb dues arquivoltes esculpides amb motius geomètrics. 

La més exterior està decorada amb un cilindre que ressegueix l'escalonament de les dovelles interromput de manera perpendicular per dotze peces rectangulars. És una decoració que també trobem en el monestir de Vallbona de les monges o santa Maria de Cistella. La més interior està decorada amb mitges boles. Aquesta és recolza en dues columnes amb els capitells esculpits.

Els capitells tenen esculpits caps humans i motius florals, tot i que el del costat dret està força erosionat i és difícil la seva interpretació. Les impostes que hi ha sobre els capitells estan decorades amb flors de sis i dotze pètals.

La il·luminació del temple es completa amb dues finestres de mig punt i de doble esqueixada situades en el mur sud.  

L'altra porta d'accés la trobem en el mur nord. També està formada per un senzill arc de mig punt i comunicava el temple amb el claustre del priorat. En l'actualitat ha estat convertida en finestra.

En l'interior del temple es conserva un senzill capitell, de tipus geomètric probablement de l'antic priorat.