Monestir fundat pel compte Guifré el Pelós i la seva esposa Guinedilda l'any 885, per a la seva filla Emma, que regí una comunitat de monges benedictines. En el moment de la consagració, celebrada pel bisbe de Vic Gomer l'any 887, Emma no tenia més de quatre anys i per això la tutela del monestir la van assumir els seus pares i el bisbe. Deu anys més tard, coincidint amb la mort de Guifré el Pelós, Emma va passar a ser l'abadessa del monestir, càrrec que va ocupar fins l'any 942. Durant el seu mandat, l'abadessa va fer créixer de forma important el patrimoni del cenobi.

Després de la seva mort, el monestir va patir una època de confusió i de lluites de poder entre els comtats de Cerdanya i els de Barcelona, Osona i Girona, que va endarrerir el nomenament d'una nova abadessa fins l'any 949. En aquest cas va ser triada per les deu monges que formaven la comunitat. Així doncs Adelaida, filla del comte Sunyer de Barcelona i vídua de Sunifred d'Urgell, va ser la segona abadessa del monestir, encarregada de retornar la normalitat al cenobi.

La tercera abadessa va ser Ranlo, filla del comte Dela d'Empúries. El seu mandat va durar només sis anys, ja que en el moment del seu nomenament ja era vídua i avia. Malgrat això, va ser una etapa plena d'activitat i d'increment de patrimoni.

A partir de l'any 962 es feu càrrec del monestir Fredeburga. Gràcies a les bones relacions amb els comtats veïns, va aconseguir incrementar encara més el patrimoni del cenobi.

La darrera abadessa va ser Ingilberga, nomenada l'any 996. Era germanastra del bisbe i abat Oliba. El seu mandat es va acabar l'any 1017, després que el seu germanastre, el comte de Besalú, Bernat de Tallaferro, aconsegueix el favor papal per crear el bisbat de Besalú i la dissolució de la comunitat de Sant Joan de les Abadesses. Els motius per a l'expulsió de les monges es referien a la moral, considerada escandalosa, de les monges. A partir d'aquest moment els ocupants del monestir passen a ser clergues regits pel fill del compte, Guifré, també bisbe de Besalú.

L'any 1077 l'abadia va ser cedida al monestir de Sant Víctor de Marsella, que també tenia el control de Santa Maria de Ripoll. El seu abat, Ricard, volia tornar a instal·lar una comunitat benedictina femenina. L'any 1083, els monjos van ser expulsats del monestir per la força i es van anar a refugiar a Vic, on el bisbe Lluçà va acollir-los i va intercedir al seu favor, sense aconseguir resultats positius.

En 1089 els monjos van poder tornar a Sant Joan, gràcies a un decret pontifici. Poc temps després, el bisbe de Vic va ser nomenat arquebisbe de Tarragona i les seves noves responsabilitats l'impediren tenir cura del monestir de Sant Joan. Aquesta situació la van aprofitar el comte Bernat III i l'abat Ricard de Sant Victor de Marsella per tornar a fer fora als monjos i instal·lar-hi una comunitat de monges. A partir d'aquell moment és conegut com a Sant Joan de les Abadesses i no com a Sant Joan de Ripoll.

L'any 1111 el comte Bernat III va penedir-se del tracte ofert als canonges, i els va permetre tornar al monestir tres anys més tard, per establir-hi una canònica agustiniana. A partir d'aquell moment, el monestir viu llargs períodes de tranquil·litat i estabilitat, que permetran ampliar i renovar les dependències monacals.

A principis del segle XIV la canònica inicia la seva decadència. La pesta negra i els efectes dels terratrèmols de l'any 1428 van agreujar la situació econòmica.

L'any 1592 l'església va passar a ser col·legiata, situació que es perllongà fins l'any 1851, quan es convertí en parroquial del poble. 

Del monestir es conserva en peu la majestuosa església romànica del segle XII i el claustre gòtic.

L'església es va consagrar l'any 1150, tot i que no estava encara acabada. Té planta de creu llatina, amb una sola nau, coberta amb volta de canó i que acaba en una monumental capçalera.

Aquesta va estar externament oculta fins que entre els anys 1954 i 1963, es va suprimir el cambril barroc i la llanterna, que ocultaven l'absis romànic.

La capçalera és precisament l'element que més crida l'atenció de tot l'exterior. La gran desproporció existent entre la capçalera i la nau fa pensar en que potser la idea original era construir un tem6ple de tres naus. Els braços del creuer són gairebé tan llargs com la nau, el que fa pensar que part del transsepte havia d'estar ocupat per les naus laterals.

Està formada per cinc absis, dos al creuer i tres a l'antic deambulatori, destruït en 1428 quan un terratrèmol va fer caure la torre campanar sobre la girola. La seva disposició, només comparable a Santa Maria de Poblet a Catalunya, es d'influència occitana.

Aquests absis van ser fortificats a meitats del segle XIV, construint una torre al seu damunt. La del absis central, coneguda com de Santa Maria, es va esfondrar en el segle XVI. La resta foren eliminades a principis del segle XX. Durant aquestes obres va ser necessari remuntar tres de les quatre absidioles.

L'absidiola central i els trams d'absis que hi ha entre aquesta i les laterals estan decorats amb una doble arquivolta adovellada i recolzada en dues fines columnes.

Els capitells de les columnes són en molts casos de factura moderna, realitzats durant les obres de restauració del segle XX. Les diverses modificacions que ha patit el temple al llarg dels anys van fer que aquests elements desapareguessin o estiguessin molt deteriorats. Entre els motius que es van representar destaquen parelles d'homes amb el cap comú i que s'estiren les seves llargues barbes. També trobem elefants enfrontats, lleons, grius i altres animals fantàstics. En els capitells de les columnes petites predominen els motius vegetals.

En la part interior de la capçalera es repeteix aquesta decoració. Destaca l'absidiola central on podem veure una doble arqueria cega, recolzada en columnes.

En aquest cas es conserven alguns dels capitells originals, gairebé una cinquantena, tot i que alguns, com els que fan referència al baptisme, són de factura moderna, ja que els romànics van ser mutilats en col·locar diversos retaules barrocs. Gairebé la meitat dels capitells estan decorats amb motius vegetals, una quinzena són de tipus zoomòrfic, on es poden veure lleons, ocells i guineus, i animals fantàstics com harpies i centaures. Quatre capitells són historiats, entre els que destaca el de Samsó lluitant amb els lleons.

El el presbiteri trobem un conjunt escultòric en fusta, que representa el Davallament de la Creu. És del 1251 d'estil de transició entre el romànic i el gòtic. En el segle XV es va trobar amagada en el front del Crist una hòstia consagrada, dividida en tres fragments i incorrupta , fet que en aquella època es va considerar com un miracle. Un canonge va menjar un fragment per comprovar l'estat de la forma i els altres dos es van retornar al seu amagatall. En 1936 es va profanar la imatge i van desaparèixer els dos fragments.

La imatge de Crist presenta un treball més fi i acurat que la resta. Josep d'Arimatea i Nicodem són els encarregats de baixar el cos del Salvador de la Creu. Maria i Sant Joan mostren el seu dolor. Completen el conjunt les imatges dels dos lladres crucificats: Dimes i Gestes. La primera va ser destruïda l'any 1936 i l'actual és una fidel reproducció. La creu on està clavat Jesucrist, també és de factura moderna.

Destaquen també la imatge gòtica de Santa Maria la Blanca i el seu retaule d'alabastre (1343), les restes del de Sant Agustí i el sepulcre del Beat Miró (1345), que havia estat canonge del monestir al segle XII.

S'accedeix al temple per tres portals. El de Sant Mateu es troba en el braç est del transsepte. Està formada per dos arquivoltes de mig punt, que es recolzen en quatre columnes.

L'arquivolta interior està decorada amb un motiu trenat, mentre que la més exterior té palmetes esculpides.

El capitell exterior de l'esquerra representa la cacera d'un simi, que intenta protegir-se de dos caçadors que toquen l'olifant. El capitell exterior de la dreta, en canvi, està decorat amb motius vegetals. Els capitells interiors corresponen a la restauració del temple i en ells es van reproduir els motius esculpits en els capitells exteriors, si bé es van col·locar en el costat oposat.

Aquesta porta comunicava el temple amb un claustre romànic, que va ser destruït l'any 1620. Les actuals arcades, sobre les que hi ha un pis on actualment hi ha l'arxiu, són de factura moderna.

El portal dels canonges està obert en el mur sud i també donava al claustre de Sant Mateu. Comunicava aquest claustre amb l'interior del temple, a l'alçada dels peus de la nau.

Tot i la gran restauració que ha patit aquesta portalada, encara es conserva la columna i el capitell esquerre, decorat amb motius vegetals.

Aquesta porta estava decorada amb un timpà esculpit. En 1974 es va descobrir un fragment d'aquest timpà, utilitzat com un graó d'una escala del monestir. Es creu que representa el baptisme de Crist en el Jordà, però la seva mutilació impedeix la seva completa interpretació. Veiem a dos personatges, un d'ells agenollat sosté a l'altre que es submergeix en les aigües. Probablement ens trobem davant de Sant Joan Baptista, que ajuda en el seu baptisme a Crist. A la dreta veiem les restes d'un element, probablement circular, on es veuen les lletres E i D. Si ens fixem en representacions del baptisme de Jesús de l'època, podria tractar-se d'una mandorla on estava representat Déu. Les lletres esculpides correspondrien a les paraules que va proclamar Déu després que Jesús rebés el baptisme. Actualment es conserva en l'interior del museu del monestir.  

La tercera portalada es troba en el braç oest del transsepte, coneguda amb el nom de Sant Miquel. Comunica l'església amb el claustre gòtic. El monestir tenia dos claustres, tal i com era habitual en monestirs on hi havia comunitats masculines i femenines. Adossat al nord de l'església trobem el claustre gòtic, simple i elegant, la construcció del qual es va iniciar el 1442.

En l'ala nord es van descobrir quatre arcs de l'anterior claustre romànic.

En el capitell situat més a l'esquerra es van representar motius vegetals. En el central es poden veure ocells i gossos entre unes lianes, que recorren tot el capitell i que neixen d'uns caps monstruosos. En el capitell de la dreta veiem esfinxs enfrontades a qui uns caps de lleó mosseguen les ales.

En el museu es conserven alguns elements força interessants de la història del monestir. A banda del fragment del  timpà del portal sud-oest, ja comentat també veiem un cap humà que es trobava decorant en l'absis principal.

També es conserva un antic frontal d'altar, que ha perdut totes les seves imatges, una Creu de cristall de roca o diferents teixits. Però sens dubte l'element més interessant conservat en el museu és la Creu de la desapareguda capella del Roser, una ermita situada al costat dret del riu Ter.

Destaquen altres monuments que van anar construint-se al voltant del monestir, com el palau abacial del segle XV, construït sobre una edificació anterior (s.XIII), la capella de Sant Miquel, l'església de Sant Pol (antiga parròquia) i el pont sobre el riu Ter.