El lloc de Saneja apareix documentat per primera vegada en una acta de donació de l'any 908, en que se l'esmenta com a límit territorial. La parròquia no apareix citada en cap document fins l'acta de consagració de la Seu d'Urgell, de finals del segle X.

El temple és de petites dimensions. Està format per una única nau, capçada a l'est per un absis semicircular. Part del tambor absidal està ocult per la sagristia.

Aquest està decorat externament amb un fris d'arcs cecs, recolzats en petites mènsules triangulars, llises a excepció de la central, que té una cara humana molt arcaica.

La nau està coberta amb una volta apuntada de perfil irregular. Aquesta es va realitzar a finals del segle XIX, quan es va augmentar l'alçada dels murs laterals, es va reformar la façana oest i es van afegir diverses dependències. En la reforma del frontispici es va obrir un ull de bou i es va refer la porta d'accés.

La porta original estava situada en el mur sud, on ara hi ha una petita estança que allotja la pila baptismal.

La nova porta, construïda en 1879, va reaprofitar part de la ferramenta original.

El campanar està adossat al mur nord. Té planta quadrada i originàriament s'accedia a ell per una porta situada en el mur nord de la nau. Posteriorment es va construir una capella al seu costat i s'habilità un nou accés des d'aquesta nova cambra.

En el pis inferior s'obren finestres espitllerades en cadascun dels murs. En segon nivell hi havia dues finestres per mur, algunes de les quals han estat reconstruïdes i actualment estan cegades. Sota de les finestres trobem un plafó dividit en tres espais. El pis superior va ser reconstruïen en 1939, després que una explosió durant la Guerra Civil el destruís.

També durant aquest enfrontament bèl·lic va desaparèixer una talla de la Verge amb el Nen a la falda. Era de finals del segle XII o principis del XIII.