L'església de Sant Tomàs de Ventajola apareix en un precepte del rei Lotari de l'any 958, en el que va confirmar una relació de béns del monestir de Sant Miquel de Cuixà, entre els que es trobava aquest temple. Deu anys més tard és el papa Joan XIII, qui mitjançant una butlla va ratificar la possessió de l'església per part del cenobi i posteriorment ho tornà a fer el papa Sergi IV en 1011.

El comte Guillem Ramon de Cerdanya es ve apoderar d'aquesta església, però en 1075 la va restituir al monestir de Cuixà.

El temple del segle XI, està format per una sola nau, actualment coberta amb una volta de rajols i capçada a l'est per un absis semicircular.

Aquest està decorat externament amb arcs cecs separats per lesenes. Malauradament es va perdre la meitat d'aquesta decoració durant una reconstrucció feta en el segle XIX.

S'accedeix al temple per una porta oberta en el mur sud. L'actual porta és de factura moderna, però s'obre en el mateix indret que l'original romànica.

També és de factura moderna el campanar de cadireta de dos ulls, que s'alça sobre el mur oest.

En el temple es venerava una imatge de la Mare de Déu, que va desaparèixer en 1936.