El topònim de Mogrony, tal i com era conegut l'indret antigament, apareix documentat per primera vegada en l'any 887, en l'acta de consagració del monestir de Sant Joan de les Abadesses. El comte Guifré I va donar al cenobi el castell i les pertinences que tenien a Mogrony. L'església apareix documentada ja en l'any 899. Inicialment estava adscrita al comtat de Cerdanya i pertant depenia del bisbat d'Urgell. En el segle XII, en canvi, depenia del bisbat de Vic.

L'església va ser totalment renovada durant el segle XI i principis del XII. La consagració es va realitzar l'any 1138. L'excessiva duració de les obres es deguda al període convuls que va viure el temple, quan  els comtes de Besalú (Udalard i Ermessenda) van usurpar el castell i el temple en 1017, aprofitant l'expulsió de les monges del monestir de Sant Joan de les Abadesses. No fou fins l'any 1084, que suplicant el perdó dels seus pecats retornaren aquestes possessions a l'església a través dels abats de Marsella i de Ripoll.

L'any 1114, una butlla del papa Pasqual II va permetre el retorn dels monjos del monestir de Sant Joan de les Abadesses, que havien estat expulsats pels de Sant Víctor de Marsella. Això també restituí el control del monestir sobre Sant Pere de Mogrony. Per aquelles dates ja existia el castell de Mataplana, situat a pocs quilòmetres de l'església de Sant Pere de Mogrony, Aquest castell tenia el domini civil sobre el terme de Mogrony i senyorial sobre gran part de la parròquia, el que provocà constants enfrontaments entre els monjos i el senyor de Mataplana.

De mica en mica les funcions parroquials es va anar desplaçant de Mogrony cap a la vall, a Gombrèn. Aquest fet es veié agreujat en 1668, quan l'església fou parcialment destruïda. Set anys més tard s'estableix la parroquialitat en la capella de Santa Maria Magdalena de Gombrèn, que en el segle XIX va canviar l'advocació per la de Sant Pere. Per la seva banda el temple de Sant Pere de Mogrony va anar deteriorant-se, fins que en 1880 el bisbe de Vic, Josep Morgades, va procedir a la restauració del temple. En 1915 es va realitzar una nova campanya de restauració, que foun completada en 1958 amb unes noves tasques de manteniment.

El temple està format per una sola nau capçada a l'est amb tres absis disposats en trèvol.

L'absis central és molt més gran que els dos laterals i està decorat amb més cura. Té un fris de dents de serra sota la teulada, que no tenen els absis laterals.

El que si tenen en comú tots tres absis és un fris d'arcs cecs, agrupats de tres en tres, separats per lesenes.

Per la part interior tots tres absis són llisos. Aquesta uniformitat dels seus murs es trenca en el cas de l'absis central amb dos finestres de mig punt i doble esqueixada, orientades a l'est i al sud. En la part central de l'absis sud també s'obre una finestra de les mateixes característiques. 

La nau no és excessivament llarga i només es troba dividida en dos trams gràcies a un arc toral que reforça la volta de canó. Aquest arc es recolza en dos pilars rectangulars adossats als murs laterals. 

La porta d'accés, de factura molt senzilla i formada per un arc de mig punt, està situada en el mur sud.

Malgrat que s'han perdut alguns elements, encara es conserva gran part de la forja romànica amb que es va reforçar la porta, a base de tiges i volutes.

Pocs anys després de construir el temple es va protegir la porta amb un porxo de factura molt senzilla. 

El porxo té tres obertures de mig punt en el mur sud i una en el costat oest, que ha estat parcialment cegada.

En època moderna es va obrir una porta que comunicava l'absis sud amb aquest porxo, el que va malmetre l'estructura de l'absis. En l'actualitat està parcialment cegada.

A finals del segle XIX van ingressar en el Museu Episcopal de Vic dos laterals d'altar procedents d'aquest temple. En  elles es representen a Sant Pere i Sant Pau. Es creu que van ser pintades pel mestre de Soriguerola en el darrer quart del segle XIII o principis dels XIV, amb un estil que encara mostra les formes romàniques, però que ja anuncia la plasticitat i les figures estilitzades de l'art gòtic.

També es va conservar una talla de Crist Crucificat del segle XIII. Malauradament aquesta talla no es troba a les nostres contrades, si no que cal viatjar fins als Estats Units per observar-la, ja que es troba exposada en el Yale University Museum de New Haven.

En lloc de Montgrony està íntimament lligat amb la figura del comte Arnau, senyor del castell de Mataplana. La tradició afirma que va ser el mateix comte el que va fer tallar a la roca els 72 esglaons que permeten arribar al pla de Sant Pere on es troba el temple.

A meitat del camí trobem el santuari de la Mare de Déu, construït en el segle XVII en la cova on es va trobar la imatge de la Verge en el segle IX.

Era una de les Mares de Déu de pell bruna que podem trobar a Catalunya. Malauradament la imatge  es va perdre i actualment es venera un còpia inspirada en l'original.