La parròquia d'Alp apareix documentada per primera vegada en un document del l'any 863, escrit pel monjo Aimó. En ell explicava el trasllat de les relíquies de Sant Vicenç pels monjos de Castres, que les havien anat a buscar a Saragossa i de camí es van aturar a l'església d'Alp, aleshores dedicada a Santa Maria. Ben aviat ja apareix sota l'advocació de Sant Pere, sense que es conegui el motiu del canvi.

El control d'aquesta església va ser motiu de litigis entre el bisbe Ot d'Urgell i el vescomte Bernat de Cerdanya, Berenguer Bernat, el seu germà Ramon i Ponç Guillem. Aquests cavallers la van retenir injustament. En 1105 es va establir una convinença per la que els nobles retornaven l'església al bisbat, amb la condició que s'hi establís una comunitat estable, formada per tres preveres tres diaques, dirigits per un capellà i pel paborde de la Seu. Aquesta comunitat ja no apareix en documents de finals del segle XIII.

El temple, malgrat les modificacions posteriors, encara manté l'estructura medieval. Es tracta d'una església amb planta basilical, de tres naus. Aquestes estan separades entre si per quatre parelles d'arcs formers de mig punt. Aquests s'uneixen en uns pilars cruciformes, que també servien de suport als arcs torals, eliminats en el segle XVIII.

En aquest moment es va sobrealçar la nau central, que estava coberta amb una volta de canó reforçada per tres arcs de mig punt i es va construir una nova volta barroca.

També es va modificar el presbiteri. Es va enderrocar  el romànic i  es va construir un de nou més gran.

Les reformes van continuar en els murs laterals, que es van foradar per obrir-hi unes petites capelles laterals.

S'accedeix al temple per una porta situada en el mur oest. Tot i que ha estat molt alterada, és d'època romànica. Està formada per tres arcs de mig punt en gradació. Hi havia una altra porta en el mur meridional, avui desapareguda.

La forja de la porta oest és de tradició romànica.

En la paret nord del presbiteri es conserven restes pictòriques del segle XIV, on es representa a Sant Cristòfol.

En el temple es veneraven dues talles de la Verge Maria, avui conservades en dos museus. La més antiga es conserva en el Museu Episcopal de Vic. És una imatge típica del segle XIII, amb el Nen assegut a la seva falda. Tot i que molt malmeses, encara conserva restes de policromia.