El lloc de Joanet va aparèixer ja documentat en l'any 889. L'església consta com a sufragània de Sant Hilari Sacalm en l'any 942. En el segle XV el terme passà a dependre d'Arbúcies i l'església ja no depenia de Sant Hilari.

El temple actual data del segle XVII, quan l'edifici fou totalment reformat i ampliat amb capelles laterals. Es creu que l'església romànica estava formada per una sola nau, capçada a l'est per un absis semicircular. L'arrebossat dels murs i els múltiples  afegits fan molt difícil veure si encara es conserva alguna empremta romànica en aquest temple.

El campanar és el darrer element que es va afegir a la fàbrica original, ja en ple segle XIX.