El terme de Montenigro apareix documentat en un parell de testaments de finals del segle X.  Aquest nom prové del color fosc de les fulles dels arbres de la zona: sureres i alzines. En l'any 1024 el senyor de Cervià, Sunyer Llobet, va deixar una quantitat d'or per a les obres de construcció del temple, que tot just s'estava començant. 

En 1329 el temple va patir la seva primera reforma important, ja que el campanar amenaçava ruïna.  Posteriorment, entre els segles XVI i XVIII es van construir les capelles laterals, ja que originàriament el temple tenia una sola nau.

El sector de llevant va ser modificat profundament al llarg dels segles, desapareixent per complert la petjada romànica en aquesta zona.

On si que s'observen les traces romàniques és en la part superior del mur nord, on encara podem veure una filada d'opus spicatum.

Al costat de la porta del mur sud, modificada durant el barroc, trobem dues làpides sepulcrals del segle XIV corresponents a dos rectors de la parròquia.