L'acta fundacional del monestir de Santa Maria de Cervià de l'any 1053, és el primer document on apareix citada la parròquia de Sant Genís. Aquest temple depenia dels senyors de Cervià, que tenien el seu castell en la part més alta del poble.

El temple va ser totalment reformat en el segle XVIII. De l'època medieval només s'han conservat alguns fragments dels mur perimetrals. Els més visibles es troben entre els contraforts del mur nord.

També és d'època romànica gran part del mur oest, tot i que està parcialment ocult per la decoració barroca. La porta d'accés respon al tipus de portes habituals en l'Empordà durant el segle XII. Un arc de mig punt adovellat i resseguit per un senzill guardapols, protegeix un timpà i la llinda decorats posteriorment.

Per les restes conservades en els murs nord, sud i oest, es pot afirmar que el temple va ser construït amb tres naus i transsepte, probablement molt similar a l'estructura que trobem en l'església monacal de Santa Maria.