El lloc de Tonyà era una propietat del monestir de Santa Maria de Roses des que va ser donada pel comte Gausfred d'Empúries i el seu fill Sunyer, bisbe d'Elna, en l'any 976.

La primera referència escrita del temple de Sant Esteve de Tonyà, advocació que tenia inicialment, data del 23 de juliol del 1167, quan Pere de Tonyà va donar alguns bens al cenobi de Roses, entre els que es trobava un mas situat al costat de l'església.

Entre els segles XVII i XVIII es va modificar el temple. Es va eliminar la capçalera romànica i es va construir una de nova, que té adossada al nord una capella en la que es venerava a Santa Llúcia. La devoció per la santa va ser tan important, que va acabar provocant el canvi d'advocació. 

L'original temple romànic, va ser modificat en època barroca, quan es va modificar la capçalera i es va construir un porxo protegit la nova porta d'accés, oberta en el mur oest.

Actualment el temple té una sola nau, acabada a l'est amb un absis de planta irregular. Els dos espais es comuniquen mitjançant un arc de mig punt, que es correspon amb l'arc triomfal romànic, que té les impostes bisellades.

Al damunt d'aquest arc s'aixecava un campanar de cadireta d'un sol ull, que va quedar cegat en sobrealçar el temple.

Actualment el terrabastall que es va construir al damunt del temple és una de les habitacions de la casa rural que ocupa l'antic mas adossat al temple.

La nau està coberta amb una volta apuntada.

Com ja hem comentat, el nou accés al temple es realitza pel mur oest, mentre que la porta original s'obria en el mur sud.

En aquest mur podem veure una finestra en forma de sagetera.