El lloc de Pardines apareix documentat per primera vegada en l'acta de consagració de la Seu d'Urgell, de finals del segle X. El dia 1 de Juliol de l'any 988, el comte Borrell II i el bisbe Sala de la Seu d'Urgell es van intercanviar algunes possessions, entre les que es trobava el temple de Sant Esteve de Pardines. 

El temple original es va modificar per primera vegada em el segle XIV, quan es va fortificar l'absis, construint una torre defensiva al seu damunt. Aquesta torre formava part de la muralla que envoltava el nucli urbà.

De fet l'absis és l'única part romànica que es conserva, ja que en el segle XVIII es va reformar completament el temple. En aquesta reforma es va canviar l'orientació de la nau, que ara és de nord a sud. El nou temple té una sola nau, amb capelles laterals a banda i banda. En una de les capelles del costat est, s'obre una porta, que comunica amb l'absis romànic. Aquest té planta semicircular i és totalment llis. Es pot diferenciar clarament la part sobrealçada en el segle XIV de la romànica. Aquesta darrera està realitzada amb carreus regulars i ben polits. En la part superior es conserven les mènsules on es recolzava l'antiga teulada.

En la part central del tambor absidal s'obre una finestra de doble esqueixada i que en la part exterior està protegida per un arc de mig punt.