El monasterio de Aguja, fue fundado en el 859 por monjes benedictinos procedentes de Santa María de Arlés, en el Vallespir, cuando huían de la invasión de los normandos, que habían destruido el monasterio. Esta es la teoría más extendida alrededor de la fundación del cenobio, si bien se basa únicamente en la coincidencia del nombre del abad de Arles, Ricimer, con el del fundador de Sant Aniol. En el año 871, el propio Rimicir, erigido como abad del cenobio, pidió al rey Carlos el Calvo la confirmación de las tierras que los monjes habían adaptado para cultivar. El monarca accedió a la petición.

Este territorio, que comprendía varios valles, no era muy productivo debido al aislamiento de la zona ya que predominaban los bosques y terrenos yermos. Esto limitaba las necesidades del monasterio y terminó dependiendo de los canónigos de la catedral de Girona. Esta relación ya la encontramos documentada en el año 899, cuando es confirmada por el rey franco Carlos el Simple.

Hacia el 1003, la comunidad se trasladó al monasterio de Sant Llorenç del Mont (actualmente Sant Llorenç de Sous) y Sant Aniol se convirtió en una simple parroquia, dependiendo de este cenobio.

En el siglo XVII se convirtió en sufragánea de Santa Cecília de Sadernes .

El templo actual corresponde al siglo XI. Es de reducidas dimensiones, si bien en un momento indeterminado se alargó hacia poniente. Tiene una sola nave cubierta con bóveda de cañón y cabecera semicircular.

El ábside está decorado con lesenas y arcuaciones lombardas.

Presenta dos ventanas de doble derrame, una en la parte central del tambor absidal y una hacia mediodía.

A escasos metros de la cabecera pasa el torrente de Sant Aniol.

Como ya hemos comentado, el templo fue alargado hacia poniente y por lo tanto se trasladó la puerta de acceso hacia la nueva fachada. Esta estaba coronada con un campanario de espadaña de dos ojos, que desapareció.

Durante la Guerra Civil el templo fue incendiado perdiéndose todo el material litúrgico, entre los que se encontraba un retablo del siglo XV. Se derrumbó parte de la cubierta y sus muros quedaron totalmente calcinados.

Una vez acabada la guerra y bajo el impulso del padre Gelpí, rector de Montagut y Sadernes, se cerró la parte del templo que aún conservaba la cubierta con una nueva fachada. En ella se abrió un ojo de buey, se añadió una espadaña de un solo ojo y se construyó una puerta con un tímpano que tiene una cruz esculpida rodeada de cinco bolas.

Junto al templo hay una casa, hoy deteriorada y abandonada, aunque en proceso de restauración, llamada Cal Sastre, que servía de rectoría y más adelante fue refugio para los excursionistas. Esta es la función que los Amigos de Sant Aniol de Aguja le quieren devolver.