L'edifici actual es va construir en l'indret on anteriorment hi havia hagut un altre temple, consagrat l'any 958 pel bisbe Arnulf de Girona. Estava dedicat a Sant Joan, Sant Esteve i Sant Miquel. L'any 1079 els vescomtes de Besalú, Udalard Bernat de Milany i Ermessenda, van cedir el temple al monestir de Sant Víctor de Marsella, per a que hi fundessin un priorat benedictí. L'any 1117 es va consagrar la nova església.

Malgrat les nombroses donacions que va rebre i l'extens patrimoni, el priorat mai no va tenir molts monjos. De fet, en els seus primers anys en tenia cinc i en el segle XIV va arribar a tenir-ne només dos. En 1424 ja no hi havia cap membre de la comunitat, fet que va provocar que fos posat sota la tutel·la de Sant Pere de Besalú. Aquesta dependència va durar fins l'any 1592, quan va ser donat a Sant Pere de Camprodon.

L'església és l'únic element que resta en peu del antic priorat.

Té planta basilical amb tres naus, inicialment capçades a l'est per tres absis semicirculars.

El del costat sud va ser suprimit per a construir una sagristia en el segle XVIII.

L'absis principal destaca per la seva rica ornamentació, tot i que en ha arribat molt erosionada. La decoració és de tipus llombard, tot i que amb una clara influència francesa, que fa que la decoració sigui més abundant. Aquesta decoració comença sota la teulada, on trobem una cornisa recolzada en permòdols.

Sota la cornisa trobem un fris de dents de serra, que es recolza en uns arcs cecs, sostinguts per columnes. Els seus capitells estaven esculpits amb motius vegetals, ara molt erosionats.

En l'arc central s'obre una finestra de doble esqueixada i decorada, interna i externament, amb una arquivolta recolzada en columnetes amb els capitells de tipus corinti. L'arquivolta de la part interior de l'absis està decorada amb motius vegetals. Sorprèn que aquesta finestra es trobi en un nivell molt més baix que les dues laterals, decorades amb un arc esculpit amb dents de serra.

L'absis nord també està decorat seguint l'esquema llombard, si bé és molt més senzill. Sota la cornisa trobem un fris de dents de serra i un d'arcs cecs. En la part central s'obre una finestra de doble esqueixada, sense cap decoració i lleugerament descentrada.

Aquesta decoració no es limita a la capçalera, si no que es continua en els murs laterals, on trobem un fris de dents de serra, mènsules esculpides i lesenes.

Malauradament la majoria de les mènsules han perdut lla decoració a causa de l'erosió. Només han sobreviscut uns pocs exemples. Així doncs, podem veure un cap barbat, una bola, un lleó i un motiu  geomètric en les mènsules del mur sud.

En el mur nord podem veure un lleó esculpit en un dels seus carreus.

La nau central és més alta que les laterals i es cobreix amb un volta apuntada, mentre que les laterals tenen una volta de quart de cercle.

La volta de la nau central està reforçada per tres arcs torals apuntats, que descarreguen la seva força en columnes adossades als pilars rectangulars. Aquestes tenen els seus capitells de tipus corinti.

La separació entre les naus es realitza mitjançant quatre arcs formers de mig punt a cada banda de la nau central.

Com en el cas de la volta de la nau central està reforçada per tres arcs torals apuntats, que descarreguen la seva força en columnes adossades als pilars rectangulars. Aquestes tenen els seus capitells de tipus corinti, a excepció de dos, que estan decorats amb grius i un cap de lleó. Els àbacs estan decorats amb motius vegetals i geomètrics.

La porta d'accés es troba en el mur oest, protegida per un porxo de factura moderna.

Està formada per un timpà i llinda llisos, envoltats per dues arquivoltes, la més exterior decorada amb mitges boles i la interior amb un entrellaçat.

Les arquivoltes es recolzaven en dues parelles de columnes, de les que ha desaparegut el fust de les del costat dret. Els seus capitells, molt erosionats, estaven decorats amb capitells vegetals, motiu que es va esculpit també en l'espai que hi ha entre els capitells.

El temple disposava de dues portes més, ara cegades. Estaven situades en els murs nord i sud. Probablement la primera permetia l'accés al cementiri, mentre que la segona comunicava el temple amb un claustre, avui desaparegut.

A finals del segle XVIII es va construir una torre de campanar en l'angle sud-oest.

En l'interior del temple es conserva una interessantíssima pila baptismal del segle XII.

Està decorada amb una sanefa decorada amb diverses figures. Podem veure a un home vestit amb túnica i que té les lletres alfa i omega. El seu cap està molt deteriorat, però es creu que podria tractar-se de Crist.

Al seu costat veiem un personatge que agafa a un altre pels cabells amb intenció de degollar-lo amb una espasa. Probablement es tracta de la mort de Sant Joan Baptista, patró del temple. Al seu costat trobem un personatge en actitud de beneir, que no ha conservat el seu cap.

També es pot veure a un personatge amb ales, flanquejat per dues aus, un altre amb els palmells de la mà cap enfora en actitud d'oració, un altre amb una llarga túnica a ratlles i un que té les mans recollides a l'alçada del pit. Es completa la decoració amb una espiga, una tija i un lleó.

En l'interior del temple també es conserven dues piques més, probablement destinades a guardar olis.

També es conserva una ara d'altar, ubicada en la nau sud del temple.

En l'absis nord es pot veure una reproducció del Crist Crucificat que es venerava en aquest temple. En l'actualitat es conserva en el Museu d'Art de Girona. Es tracta d'una talla policromada de fusta de principis del segle XII.