Fortalesa documentada per primera vegada en el segle XI. Estava situada en el comptat de Besalú, en el terme parroquial de Sant Pere de Navata. En aquest segle es van signar diversos pactes entre els senyors de Navata i el bisbe de Girona en els que els primers es comprometien a defensar la parròquia de Sant Pere i la seva sagrera.

L'any 1099 Bernat Adalbert de Navata va donar el castell al comte de Besalú, en canvi de rebre'l després com a feu. Gairebé un segle més tard, en 1190, el rei Alfons I cedí en feu a Bernat de Navata la vila de Peralada.

En 1249 Ermessenda de Navata i el Far es va casar amb Dalmau IV de Rocabertí. A partir d'aquest moment les possessions dels Navata passaren a la família dels Rocabertí. En 1272 l'infant Pere, que actuava com a lloctinent de Jaume I, va permutar amb Dalmau de Rocabertí els castells de Navata i de Vilademuls, tot i que aquesta família continuà exercint com a senyors del castell de Navata.

La fortalesa tenia planta rectangular i ocupava una amplia esplanada. En el costat de tramuntana un petit penya-segat feia de protecció natural del castell, mentre que davant dels tres altres murs es va construir un fossar d'un tres metres de fondària.

El llenç del mur oest és el que millor s'ha conservat, arribant a una alçada d'uns sis metres. Està flanquejat per dues torres, una circular a l'esquerra i una quadrada, més gran, a la dreta. En el mur es conserven set finestres rectangulars de factura posterior, així com algunes espitlleres i merlets.

De la resta dels murs en queda bastant poca cosa. Només es conserva un petit fragment d'uns vuit metres del mur nord i que no arriba als tres metres d'alçada.

En l'angle nord-est es troben les restes de la capella del castell. Estava dedicada a Sant Joan i la trobem documentada per primera vegada en 1251.

Té planta rectangular, sense capçalera destacada. Sobre ella s'alçava una torre rectangular que formava part de les defenses del castell. El mur oest ha desaparegut, però encara es conserven els murs laterals i el de la capçalera, en el que s'obre un petit ull de bou. També s'ha conservat l'arrencada de la volta, que era de perfil apuntat.

En cadascun dels murs laterals s'obre una finestra de mig punt i una sola esqueixada, que a l'exterior es transforma en sagetera. A nivell de terra del mur est i del sud s'obren tres finestres en forma de sagetera i una més en el mur nord, reforçant el caràcter defensiu de l'edifici.