Es troba situat a les afores del recinte de la Força Vella de l'antiga Girona, a l'altra banda del riu Galligants. Al seu davant hi ha la petita església de Sant Nicolau.

Aquesta abadia benedictina apareix documentada per primera vegada l'any 988, en el testament d'Ermengarda. L'any 992, el compte Ramon Borrell va vendre les seves possessions en el Raval de Sant Pere a l'abat. Més tard, en 1117, va ser annexionada al monestir de la Grassa (al Llenguadoc), malgrat no va deixar mai de tenir abat.

Uns anys més tard, cap a l'any 1131, es va iniciar la construcció de l'església actual sota el patrocini de Ramon Berenguer III. Té planta basilical amb 3 naus i creuer amb quatre absis orientats cap a l'est.

És un fet curiós, ja que a la banda del campanar només trobem un absis i en canvi a l'altra banda del creuer se'n poden trobar dos de dimensions inferiors.

Aquests dos absis estan separats interiorment per una columna amb el capitell esculpit, atribuït al Mestre de Cabestany. Representa el martiri d'un sant, el qual mor decapitat per un botxí que branda una espasa.

El creuer està acabat al nord amb un altre absis, el que fa pensar que originàriament existia un altre temple amb tres absis en forma de creu i cimbori, com  l'església de Sant Nicolau.

Sobre aquest cimbori s'alçaria el campanar octogonal, que és l'únic element de capçalera que manté decoració llombarda.

El seu campanar és de planta octogonal amb mitges torres a la base, dos pisos de finestres geminades i frisos d'arcs cecs i de dents de serra.

Com ja hem comentat, en el pis inferior de la torre, corresponent al braç nord del transsepte, s'obren dos absis semicirculars. En tots dos s'obre una finestra de mig punt i de doble esqueixada. La finestra de l'absis orientat cap a l'est està decorada externament amb un arc de mig punt fet amb pedra de color negre, un motiu escultòric en forma de corda i una flor circumscrita de vuit pètals.

En l'absis principal s'obren tres finestres. La central encara conserva part de la seva decoració original, amb dos petits capitells vegetals en l'arc interior.

Aquesta mateixa decoració es repeteix en les finestres que hi ha en els murs laterals del temple.

La capçalera va formar part de la muralla de la ciutat des del segle XIV i per tant al llarg dels anys va ser molt modificada i malmesa. Van ser especialment importants els danys durant la Guerra del Francès, moment en que l'artilleria francesa va bombardejar el monestir des del Castell de Montjuïc. L'estat de ruïna del monestir va propiciar la desaparició de diferents elements litúrgics i del cor.

L'any 1835, desprès de la desamortització es va convertir en caserna de la Guardia Civil fins l'any 1870 en que es va recuperar per com a museu, moment en que es van afegir dues plantes al claustre. A la dècada dels seixanta es van iniciar les obres de restauració que li van retornar l'aspecte original.

La nau principal està coberta amb volta de canó reforçada per arcs torals que es recolzen en robustes columnes adossades. Una motllura decorada recorre la nau pel punt on arrenca la volta. Les naus laterals estan cobertes amb volta de quart de cercle sense arcs torals. La separació entre naus es fa a través d'arcs formers de mig punt, que es sustenten en pilars de planta quadrada, on estan adossades les columnes de la nau principal.

Els capitells dels arcs torals estan esculpits. Són els de majors dimensions, però també els de pitjor qualitat artística. De totes maneres val la pena aixecar el cap i contemplar-los. Predominen els motius vegetals i els monstres.

Tenen una talla molt més acurada els capitells dels arcs formers del transsepte. Encara es poden veure restes de la policromia que els decorava. És especialment conegut el capitell on hi ha una sirena entre centaures. Dos capitells estan esculpits amb lleons i quadrúpedes enfrontats. En l'altre capitell veiem a uns personatges agafant per les extremitats superiors a uns lleons. En la part central hi ha un personatge barbat, que no s'ha aconseguit identificar.

L'absis principal està precedit d'un ampli presbiteri, en el que trobem columnes amb els capitells esculpits seguit els mateixos criteris que en la nau. Alguns d'ells també conserven restes de policromia. Un d'ells també és obra del Mestre de Cabestany i representa la vocació dels apòstols.

L'interior de l'absis està decorat amb una sèrie d'arcuacions cegues que es recolzen en columnes cilíndriques amb capitells ricament esculpits.

Els dos més exteriors s'han perdut degut a la instal·lació d'un retaule. També podem observar la decoració de la motllura, que recorre l'absis per sobre els arcs.

A la façana principal del temple destaquen la gran rosassa i la portalada.

La porta està formada per cinc arquivoltes de mig punt en gradació recolzades en dos parells de columnes. En els capitells podem veure esculpits ocells i altres animals. Les arquivoltes estan decorades amb motius geomètrics.

La rosassa està formada per dos cercles concèntrics units per vuit columnes radials amb capitells en tots dos extrems.

En l'absidiola del costat nord del transsepte s'ha instal·lat una reproducció de la rosassa per permetre'n una millor contemplació.

El claustre es troba situat a la part sud del temple i es va construir entre 1154 i 1190. És tracta d'un claustre amb unes dimensions inferiors al de la Catedral, però mantenen forces similituds. El claustre de Sant Cugat del Vallès, de construcció posterior, també manté alguns trets constructius i escultòrics  similars.  Nombroses làpides funeràries hebrees procedents del cementiri proper de Montjuïc (segles XII-XV) van ser aprofitades en la construcció de les parets del claustre.

L'any 1592 el monestir va recuperar la independència i se li van annexionar els monestirs de Sant Miquel de Cruïlles i de Sant Miquel de Fluvià. L'any 1835 la comunitat monàstica el va abandonar. En l'actualitat és la seu del Museu Arqueològic de Girona.