En l'alta edat mitjana els habitants de l'antiga Emporion es van traslladar a un lloc més arrecerat i elevat.  Aquest nou nucli de població es va convertir ben aviat en la seu del comtat d'Empúries. En el centre de la vila es va construir un castell, del que encara es conserven alguns murs del segle XIII.  

Les primeres notícies del temple daten de l'any 834. Posteriorment aquest temple es va haver de reconstruir fins a tres vegades, tal i com es pot veure en les tres làpides encastades a la façana oest.

La primera làpida, dividida en dos fragments, ens descriu la reconstrucció realitzada l'any 926.

Posteriorment, en 1284 es va reparar el teulat, la volta de la nau, el paviment i es va construir el campanar, tal i com es descriu en la làpida funerària del sagristà Guillem de Palol.

La darrera reconstrucció fou l'any 1507, després del setge que va patir la vila per part de les tropes del Duc de Lorena l'any 1468. 

Les làpides es troben en el mur oest, sobre la porta d'accés. Aquesta està formada per un senzill arc apuntat. Just al damunt podem trobar una rosassa gòtica.

L'edifici és d'estil gòtic. Està format per una sola nau coberta amb volta de creueria i acabada en un absis poligonal. 

En l'interior del temple es conserven alguns elements interessants. Només entrar al temple podem veure una pila baptismal romànica. Està tallada en un sol bloc de pedra calcària i la decora un fris d'arcs cecs. 

En el presbiteri trobem una ara d'altar romànica decorada amb arcs cecs de mig punt. Malauradament quan vaig visitar el temple estaven a punt de celebrar un casament i per tant l'altar estava parat i no es podia contemplar la decoració que té en la part superior.  A més a més vaig a haver de realitzar les fotografies de presa i corrents, fet que no em va permetre revisar si havien quedat bé o no.

Val la pena acostar-se a aquest racó de l'Empordà, passejar-se pels seus carrers i gaudir de les platges i paisatges.