L'església de Sant Joan de Mata era una possessió de Santa Maria d'Ullà, segons un document de l'any 1182. Uns anys més tard, en 1228, el canonge Bernat de Monells va cedir la vila de Matajudaica al bisbe de Girona Guillem de Cabanelles, que posteriorment va cedir a la mitra en testament.

El temple que podem veure va ser edificat en el segle XII, però molt modificat en el segle XVI i especialment en el XVIII.

Església d'una sola nau amb capelles laterals afegides a llarg dels segles.  La nau està acabada en un absis semicircular.

És precisament l'absis l'únic element romànic visible des de l'exterior, tot i que està parcialment ocult. En el centre s'obre una finestra amb forma d'espitllera per la part exterior i esqueixada per l'interior.

La porta actual es va construir l'any 1797, tal i com consta esculpit en la llinda.

Originàriament  la porta estava en el mur sud, que no ens ha arribat, ja que es va reconstruir posteriorment. És aquesta segona porta la que es pot veure actualment cegada. 

En el Museu d'Art de Girona es conserva una lipsanoteca de fusta procedent d'aquest temple. Està decorada externament amb bandes de pintura, molt malmeses, de colors negre i vermell. Està datada a finals del segle XII.