El monestir benedictí de Santa Maria està avui en dia en estat ruïnós. Va tenir una època de gran importància, quan Roses era un port important de la Corona Catalana. El Rei Pere III va partir d'aquesta vila quan va anar a la conquesta de Sardenya. Fruit d'aquesta importància es va construir la fortalesa, per defensar-la dels turcs i els pirates. 

Les primeres notícies documentades de Santa Maria daten de ben entrat el segle X. concretament en l'any 944 quan apareix en un precepte del rei Lluís d'Ultramar citada com una petita cel·la monàstica, depenent de Sant Pere de Rodes. Aquesta vinculació no va durar gaire, doncs en l'any 960 passà a ser un monestir independent.

En l'any 1022, en temps de l'abat Ramon Hug, es consagra un nou temple, per a la construcció del qual va ser necessari enderrocar completament l'anterior.

El monestir era considerat com l'església dels comtes d'Empúries.  En l'any 1035 Hug I va vendre la meitat del cenobi a la seva esposa Guisla, la qual en morir, la va deixar a la seu de Girona. 

A partir del segle XV el monestir entra en decadència, que culminarà l'any 1592, quan passà a dependre de Santa Maria d'Amer per ordre del papa Climent VIII. Durant els segles posteriors la vila fortificada va ser una plaça forta en els conflictes bèl·lics. Durant la Guerra Gran l'església va ser parcialment destruïda i fou abandonada en el 1795, moment en que es va construir una nova fora dels murs. A partir d'aquest moment tant la ciutadella com el monestir seran abandonats i s'aniran degradant progressivament. L'absis principal es va derruir parcialment entre 1920 i 1931 i va ser reconstruït a la dècada dels seixanta. També es va reconstruir la façana amb elements trobats in situ.

L'església va ser construïda al segle XI amb planta basilical, transsepte destacat en planta i tres absis semicirculars.

Actualment no es conserven més que algunes restes de les voltes i alguns arcs. De les restes podem deduir que la nau principal i els braços del transsepte estaven coberts amb una volta de canó, mentre que les naus laterals tenien voltes de quart de cercle.

Les naus estaven separades per pilars cruciformes, on estaven adossats les pilastres on descansaven els arcs torals i formers.

En algun moment indeterminat es van substituir els pilars adossats de l'arc toral més proper al presbiteri de la nau central per una mènsula esculpida. Només s'ha conservat la del costat nord, on hi ha representats dos àngels.

El transsepte també estava cobert amb volta de canó, L'absis principal estava decorat externament amb arcuacions llombardes i lesenes.

Per la part interior també està decorat amb arcs de mig punt recolzats en columnes adossades.

També tenien decoració llombarda els murs exteriors, com es pot comprovar en les restes que queden del mur nord.

També es poden trobar decoracions similars en els murs interiors, cosa que no és gaire habitual.

Els absis laterals, en canvi, són totalment llisos, tant interiorment com exteriorment.

L'absidiola sud té encastat el fragment de l'absis d'una construcció anterior. De fet sota l'església abacial s'han trobat restes d'una basílica paleocristiana.

Sobre la nau nord s'alçava un campanar del qual queden pocs vestigis.

També podem trobar restes del claustre situat al costat sud de l'església. Tenia forma rectangular i gairebé no s'han conservat vestigis, únicament els basaments on reposaven les columnes i la cisterna central.

Una petita porta, formada per un arc de mig punt adovellat, comunicava el temple amb el cementiri de la comunitat.

Queden algunes restes dels murs que defensaven el monestir, fetes amb opus spicatum i una torre cilíndrica a l'angle sud-oest, construïda posteriorment al recinte primitiu.