Les primeres notícies escrites que es tenen són de l'any 1089, quan els senyors de Navata van renunciar als drets que tenien sobre la canònica. Sembla ser que el segle XII fou el moment en que aquest priorat va gaudir de millor salut i la basílica i gran part de les dependències que es conserven són d'aquesta època.

L'església és de tres naus acabades en tres absis fortificats. El central està decorat interiorment per uns arcs afegits en una recent reconstrucció. La nau central té volta de canó lleugerament apuntada, mentre que les laterals estan cobertes per volta de quart de cercle.

La façana és la part més destacable de l'edifici. Havia d'estar flanquejada per dues grans torres que no es van arribar a construir. Al costat dret es van començar a aixecar dos grans finestrals que no es van acabar i posteriorment es van aprofitar per posar-hi les campanes. La portalada està ricament decorada. Formada per sis arquivoltes, totes elles decorades amb motius vegetals, geomètrics o animals. També destaquen els quatre capitells corintis.

Durant la invasió napoleònica es van cremar l'arxiu i algunes dependències monacals. Aquestes han estat força alterades amb el pas dels anys i només ens queden algunes restes. Per un passadís interior que passa sota la casa prioral accedim a una bonica plaça on es pot observar l'antiga església de Sant Joan, que en fer les ampliacions del segle XII passaria a ser una dependència més del monestir i la sala capitular. Destaquen d'aquesta sala els cinc ulls de bou que donen a la plaça. Per un altre passadís accedim a l'antic claustre, del qual només ens queda l'estructura del pati. Alguns capitells han estat reaprofitats a dins de l'església. Actualment aquests edificis estan ocupats per dependències municipals.

L'any 1851 va ser suprimida la comunitat i es traslladà la parròquia a l'església de Sant Feliu, construïda en el segle XVIII a la part alta del poble.