Originàriament es tractava d'una comunitat monàstica benedictina. Actualment en queden poques restes d'aquesta època. Es va edificar al segle XI. L'any 1485 va ser saquejat pels remences. L'any 1592 inicià la seva decadència amb l'annexió al monestir de Sant Pere de Galligants de Girona.

A principis del segle XVI es va enfonsar una part de la volta, la més propera als peus de la nau. No es va refer aquesta coberta, si no que es va fer una nova façana una mica més endins, al mateix temps que es dotava a l'església de nous contraforts per reforçar tota l'estructura. També es van tapiar els arcs torals de les naus laterals per convertir-les en capelles.

El temple va ser edificat amb planta basilical amb tres naus i transsepte.

Les naus estan cobertes amb voltes de canó que reposen en pilars cruciformes i arcs torals de mig punt.

El transsepte en creuar-se amb la nau central ho fa amb una cúpula semiesfèrica.

A l'exterior podem veure un cimbori.

Les naus estan capçades a l'est amb tres absis semicirculars.

La decoració exterior dels absis segueix les tendències llombardes amb arcs cecs, lesenes i finestres de doble esqueixada.

També es pot veure un fris d'arcs cecs en els murs laterals, excepte en el sector del transsepte. 

La torre quadrada també es de factoria romànica però més tardana que la resta del temple. El darrer pis, on hi ha les finestres, és dels segles XVI i XVII, el que ens fa pensar que l'original romànic mai no es va acabar

Quan a l'any 1930 es va retirar el retaule gòtic de Lluís Borrassà per dur-lo al Museu d'Art de Girona, a l'absis central es van descobrir les restes d'unes pintures murals romàniques del segle XII. Són de les més originals que podem trobar a Catalunya.

Sota les finestres podem veure un fragment decorat com si fos un teixit oriental imitant cortinatges. Sobre un fons vermell podem veure una sèrie de lleons blancs enfrontats entre ells.

A l'intradós d'una de les finestres hi ha una estrella de dotze puntes sobre un fons verd i ocre. Just a sobre es pot veure una inscripció on es llegeix "...RA REGNAT SEMPER VIRGINEIS IS GA..." i els peus d'una figura humana.

La resta de l'absis està decorat amb imatges de l'època barroca, entre les que destaquen uns àngels, sota de les quals podria haver més restes de frescos romànics, que els recents estudis semblen haver descartat.

En el mur esquerre del transsepte també podem trobar les restes d'unes pintures murals. S'observen tres personatges vestits amb túniques i mantells. Representa la traïció de Judes, en el moment en que besa a Jesús. Un altre personatge, probablement l'apòstol Joan, s'ho mira.

Durant els treballs preliminars a les obres de restauració que s'han de portar a terme al llarg dels propers anys, es van descobrir diverses pintures murals. Hi ha fragments de pintures barroques en un costat de la nau, renaixentistes en el transsepte i romàniques en la nau. 

Durant els primers mesos de l'any 2010 s'estan recuperant i consolidant aquestes pintures romàniques, de transició cap al gòtic, situades al voltant d'un dels arcs formers del costat nord.

Són pintures realitzades en el segle XIII, imitant un marbrejat romà. Aquest tipus de decoració era habitual en edificis de renom, com un símbol de prestigi del seu propietari. De fet, dins del territori del comtat de Barcelona només trobem dos edificis amb una decoració similar i són el Saló del Tinell de Barcelona i el palau dels arquebisbes de Narbona. Tots dos són edificis nobles, un és el palau del comte de Barcelona i l'altre és la residència d'un bisbe. Per aquest motiu resulta excepcional haver trobat aquestes pintures en un monestir i demostra la importància que va tenir el cenobi en el segle XIII.

En el braç nord del transsepte podem veure un sepulcre gòtic encastat en el mur oest.

De la resta de dependències monacals en queda ben poc. Únicament ens queda una paret on es pot veure una porta i dues finestres geminades. També es poden observar les restes d'una altra parella de finestres geminades a l'altre costat de la porta. Per la seva similitud amb el claustre de Sant Benet de Bages, es creu que aquesta era la porta d'accés a la sala capitular des del claustre. Altres dependències s'ubicaven on avui hi ha una masia.

Cal destacar diversos objectes que es troben al Museu d'art de Girona, a banda del citat retaule gòtic. En primer lloc la Majestat de Cruïlles, prototip de les majestats coronades, ja que la majoria trobades a Catalunya són posteriors. També s'hi pot trobar un Crist de coure daurat, quatre lipsanoteques i la biga que hi havia en el presbiteri, on es representa la Passió de Crist.