La primera menció que trobem del monestir de Cruïlles data del 1057, quan la comtessa Ermessenda en va fer un llegat.

Des de l'any 1144 consten com a possessions del cenobi l'església parroquial de Cruïlles i el priorat de Sant Genís de Rocafort.

L'any 1485 va ser saquejat pels remences. Un segle més tard, en 1592 el papa Climent VIII el va annexionar al monestir de Sant Pere de Galligants de Girona, iniciant-se així la seva decadència. En 1835 va patir la desamortització i les dependències monàstiques van passar a mans privades. D'aquestes, a falta de realitzar alguna campanya arqueològica en el lloc on s'aixecava el claustre i en la masia situada al sud de l'església, només es conserva el mur est del claustre, on es trobava la sala capitular.

El temple presenta una planta basilical amb tres naus i transsepte, que sobresurt en planta.

No està clara que aquesta fos la idea inicial, doncs diversos indicis fan pensar que el primer projecte contemplava una única nau, amb un transsepte prominent i sense creuer, a l'estil dels grans temples de finals del segle X, com Sant Miquel de Cuixà o el de la Santa Creu d'Olorda.

Si ens fixem en el braç nord del transsepte podem veure que es va obrir una finestra de doble esqueixada en el mur oest. Aquesta va quedar cegada per la construcció de la nau de l'Evangeli. Per tant, sembla lògic pensar que quan es va construir aquest sector del transsepte, no estava prevista la construcció de la nau.

També suggereix aquesta mateixa idea el fet que el el mur que tanca la nau de l'Epístola en arribar al transsepte és coetani a la resta del temple. No existeix cap arc toral que s'hagi cegat posteriorment, si no que el mur va ser construït amb la resta del transsepte. En ell s'obre una petita porta de mig punt característica del segle XI.

No és habitual trobar una obertura d'aquestes característiques que comuniqui una nau amb el transsepte, en canvi si que trobem portes com aquestes en el mur de ponent del transsepte en edificis que tenien un claustre adossat al mur sud del temple.

Les naus estan cobertes amb voltes de canó que reposen en pilars cruciformes i arcs torals de mig punt. El transsepte es cobreix també amb voltes de canó perpendiculars a les naus.

La modificació del projecte inicial també va comportar una modificació en la cobertura del creuer, on es va construir cúpula semiesfèrica, una mica irregular.

A l'exterior el creuer es manifesta en un senzill cimbori.

En el transsepte s'obren tres tres absis semicirculars.

La decoració exterior dels absis segueix les tendències llombardes amb arcs cecs, lesenes i finestres de doble esqueixada. En l'absis nord s'obre una única finestra, dos en el sud i tres en el central.

També es pot veure un fris d'arcs cecs en els murs laterals, excepte en el sector del transsepte. 

A principis del segle XVI es va enfonsar una part de la volta, la més propera als peus de la nau.

No es va refer aquesta coberta, si no que es va fer una nova façana una mica més endins.

Al mateix temps es va dotar a l'església de contraforts per reforçar tota l'estructura.

També es van tapiar els arcs torals de les naus laterals per convertir-les en capelles.

L'antiga porta del temple va quedar sense utilitat. Està formada per un arc de mig punt adovellat i extradossat.

Sobre el darrer tram de la nau nord es va construir entre els segles XVI i XVII una torre campanar. En el pis superior s'obren quatre finestres de mig punt, sota una teulada a dues aigües.

En el mur sud, al costat del transsepte s'aixeca una torre de planta quadrada edificada a finals del segle XII o en el XIII. Tot indica que no es va acabar de construir.

Per comunicar-se amb el temple es va obrir una porta de mig punt irregular, protegida per un arc de descàrrega apuntat. Al seu damunt veiem una finestra de mig punt i una sola esqueixada, que va perdre la seva funció en quedar integrada la seva part exterior en l'interior de la torre.

Succeeix el mateix amb la finestra del mur oest del transsepte sud.

Precisament el transsepte sud va ser "retallat" posteriorment per construir una sagristia.

Quan a l'any 1930 es va retirar el retaule gòtic de Lluís Borrassà per dur-lo al Museu d'Art de Girona, a l'absis central es van descobrir les restes d'unes pintures murals romàniques del segle XII. Són de les més originals que podem trobar a Catalunya.

Sota les finestres podem veure un fragment decorat com si fos un teixit oriental imitant cortinatges. A continuació i sobre un fons vermell podem veure una sèrie de lleons blancs enfrontats entre ells.

Aquest tipus de decoració evoca teixits orientals, molt apreciats a Europa en aquells moments i símbol de luxe. És per aquest motiu que eren utilitzats per a embolicar relíquies valuoses. Teixits d'aquest estil es van trobar a les ciutats alemanyes de Seigburg i Dentz.

Al damunt d'aquests lleons trobem una sanefa amb greques tridimensionals.

A l'intradós d'una de les finestres hi ha un fragment d'una estrella de dotze puntes sobre un fons verd i ocre.

Just a sobre es pot veure una inscripció on es llegeix "...RA REGNAT SEMPER VIRGINEIS IS GA..." i els peus d'una figura humana.

La resta de l'absis està decorat amb imatges de l'època barroca, entre les que destaquen uns àngels. Desconeixem si durant les obres realitzades en els darrers anys s'ha fet algun tipus de cata per veure si  sota es conserven pintures romàniques.

En el mur esquerre del transsepte també podem trobar les restes d'unes pintures murals romàniques. S'observen tres personatges vestits amb túniques i mantells.

Representa la traïció de Judes, en el moment en que besa a Jesús. Un altre personatge, probablement l'apòstol Joan, s'ho mira. Estan datades en la segona meitat del segle XII.

A principis de l'any 2008 es van realitzar algunes cates en els murs de l'església buscant restes pictòriques sota l'encalat de la nau i les capelles. Es van descobrir fragments de pintures barroques i renaixentistes que esperen una nova partida econòmica per tornar a sortir a la llum.

Les que si es van recuperar durant els primers mesos de l'any 2010 són uns fragments que van aparèixer en els carcanyols del segon arc former del costat nord. 

Són pintures realitzades en el segle XIII, imitant un marbrejat romà. Aquest tipus de decoració era habitual en edificis de renom, com un símbol de prestigi del seu propietari. De fet, dins del territori del comtat de Barcelona només trobem dos edificis amb una decoració similar i són el Saló del Tinell de Barcelona i el palau dels arquebisbes de Narbona. Tots dos són edificis nobles, un és el palau del comte de Barcelona i l'altre és la residència d'un bisbe. Per aquest motiu resulta excepcional haver trobat aquestes pintures en un monestir i demostra, junt amb les pintures de l'absis, la importància que va tenir el cenobi en els segles XII i  XIII.

En l'interior d'aquesta capella, que conserva pintures d'altres èpoques pendents de destapar, es conserva una ara d'altar.

En la capella oposada del costat sud també hi ha una altra ara d'altar.

En el braç nord del transsepte hi ha una ossera gòtica encastada en el mur oest, on descansen les restes d’Elisabet d’Hongria, que va morir el 1294.

Durant la restauració del temple s'hi ha col·locat una altra al seu costat, procedent de l'antic claustre. 

En la darrera capella del costat sud s'ha col·locat una pica baptismal monolítica de pedra del segle XIII. Sorprèn la seva simplicitat, només trencada per la inscripció "1232 FONS"

De la resta de dependències monacals en queda ben poc. Únicament ens queda una paret on es pot veure una porta i dues finestres geminades.

Per la seva similitud amb altres claustres com el de Sant Benet de Bages, es creu que aquesta era la porta d'accés a la sala capitular des del claustre. Altres dependències s'ubicaven on avui hi ha una masia.

També es poden observar les restes d'una altra parella de finestres geminades a l'altre costat de la porta. Només s'ha conservat una finestra cegada, doncs l'altra es va mutilar en obrir una porta.

La comunicació entre l'església i el claustre es feia mitjançant una senzilla porta de mig punt oberta en el darrer tram de la nau sud, formada per un doble arc.

En el Museu d'Art de Girona es conserva l'abans citat retaule gòtic de Lluís Borrassà. Sabem que el retaule el va encarregar Sanxa, vídua de Jaspert de Campllong el 12 de novembre de 1416.

En la taula central veiem la figura de l’arcàngel Sant Miquel lluitant amb el drac.

Al seu damunt i com sol ser habitual en els retaules gòtics, es va representar l’escena del Calvari. En els espais laterals es van representar escenes de la vida del sant.

Si comencem la lectura per la taula superior esquerra hi veiem la victòria de Sant Miquel sobre un grup de monstres.  En la següent escena d'aquest carrer es va representar la victòria de Sant Miquel a Siponte, on es va imposar a un grup d'infidels. La darrera taula representa l'aparició de l’arcàngel al mont Gargano, on un pastor va disparar una fletxa a un bou que s'havia escapat del ramat i la fletxa en lloc de ferir a l'animal va retornar cap al pastor. Aquest fet es va escampar entre els habitants de la zona fins al punt que el bisbe i la seva comitiva es van adreçar a la muntanya per esbrinar que havia passat, moment en que Sant Miquel es va manifestar com a protector d'aquell indret.

En el carrer dret veiem el pessatge d'una ànima davant la porta del Cel, custodiada per Sant Pere amb una gran clau d'argent. L'escena del mig està dedicada a la missa del papa Gregori, on Crist es va fer present en l'Eucaristia davant la crisi de fe del sant Pare. En l'escena també veiem a diverses ànimes sortin del purgatori acompanyades per àngels. La darrera taula representa la victòria de Sant Miquel sobre els dimonis i l'Anticrist.

La predel·la estava decorada amb sis sants, que degut a l'erosió que han patit són de difícil identificació.

També es conserven en aquest museu alguns elements romànics. En primer lloc la Majestat de Cruïlles, prototip de les majestats coronades, ja que la majoria trobades a Catalunya són posteriors.

La corona no és afegida, si no que es va tallar en el mateix tros de fusta que el cap.

La imatge de Crist està situada sobre una creu de fusta anterior, datada en el segle XI. Aquesta està bellament pintada. Per la part frontal està decorada amb flors i motius vegetals fets amb colors vermells i grocs. En la part posterior veiem un Agnus Dei dins un cercle en la part on es creuen els braços de la creu.  En els extrems es van representar els quatre Evangelistes. Els braços de la creu tenen unes inscripcions on es llegeix "MONSTRATVR PICTVS VT AGNVS VIRGINIS...NATVS" I "AGNVS DEI QVI TOLIS PEC(CATA)".

També s'hi pot trobar un Crist de coure daurat, que es va localitzar entre les runes del monestir datat en el segle XIII.

Però entre els elements conservats en el museu destaca la biga que hi havia en el presbiteri i que servia de suport al baldaquí. Malauradament la seva ubicació, just davant d'unes grans finestres obertes de bat a bat, fa que els reflexes no permetin la seva correcta contemplació i la presa de fotografies. Us demanen disculpes per la qualitat de les fotografies de la biga.

Va ser trobada quan es va desmuntar el retaule gòtic, doncs es feia servir per unir la predel·la amb la resta del retaule. Té gairebé quatre metres de llargada i està datada a principis del segle XIII.

A la cara frontal veiem una processó de clergues. En primer lloc  hi ha dos diaques que porten un canelobre. Els segueixen tres diaques més que porten un encensser, un llibre i una creu.

Els segueixen divuit monjos amb capa pluvial, sense mànigues i oberta pel davant. Tots tenen la boca oberta, en actitud de cantar i caminen cap a la dreta. Un dels monjos porta una bacina a la mà.

Tanquen la processó quatre diaques més: dos porten un canelobre, un altre un encensser i el darrer una creu.

A continuació veiem a tres personatges davant un edifici amb decoració llombarda amb una creu grega sobre la porta. A l'entrada hi ha un bisbe acompanyat de dos assistents que aguanten el gremial o drap litúrgic.

En els extrems de la biga trobem motius decoratius de caire vegetal, que també es repeteixen en la part posterior de la biga.

En aquest museu també es conserven quatre lipsanoteques, datades entre els segles XII i XIII. Malauradament no estan exposades.

Des d'aquí volem agrair les facilitats que des de l'àrea de turisme del Consell Comarcal del Baix Empordà ens han donat per visitar el monestir i fotografiar-lo.