El monasterio tiene sus orígenes, según la tradición, hacia finales del siglo VIII. Los hermanos Libencio y Assenario con su familia, sirvientes y otros hombres fundaron el cenobio, siendo Libencio el primer abad. Una vez establecido el monasterio, empezaron a fundar parroquias por todo el valle. Guiemund, hijo de Assenario, sucedió a su tío y a su padre en la dirección de la comunidad. El crecimiento y la influencia que adquirió el monasterio provocaron numerosas disputas con el conde Alarico de Empúries. En el año 844  Guiemund fue a Sant Serni de Tolosa a pedir la intercesión del rey Carlos el Calvo, que se encontraba sitiando la ciudad. Así pues, el monarca firmó un precepto por el cual se confirmaba que el cenobio había sido fundado con la autorización de Carlomagno. 

De este templo todavía se conservan algunos elementos de su cabecera, situados en el extremo este del claustro, junto al brazo sur del transepto actual.

En este sector vemos una pequeña estancia, que todavía conserva parte de su bóveda de cañón. Se trata del ábside derecho de la basílica prerrománica, de planta rectangular y en el que se abre una pequeña ventana en su muro este.  Este ábside se comunicaba con el ábside central mediante un pequeño arco de medio punto, hoy parcialmente cegado.

El ábside principal era de planta semicircular o de herradura y tenía grandes dimensiones. De él sólo nos ha llegado parte de sus cimientos, situados justo detrás del ábside derecho de la iglesia actual.

El ábside estaba rodeado por un deambulatorio, del que se ha conservado un pequeño fragmento junto a la absidiola sur.

Todos estos elementos fueron construidos con opus spicatum y fueron reaprovechados como dependencias monacales.

Durante el siglo X el monasterio aumentó sus dominios y poder, en gran parte gracias a las donaciones de los condes de Empúries, lo que comportó una ampliación del cenobio. El año 935 el obispo de Girona consagró la nueva iglesia dedicada a Sant Quirze, Sant Andreu y Sant Benet. El poder del monasterio siguió creciendo, con los consecuentes litigios con los condes de Empúries. En 1132, con Berenguer como abad, se consagró el actual templo.

En 1242 el abad Bernat Guerau compró, por 4.280 sueldos, a Ramon de Empúries el término de Rabós, en el cual pasó a ejercer jurisdicción civil.  Unos años más tarde, en 1255, el conde Ponç IV vendió al monasterio las posesiones que todavía conservaba en el valle de Sant Quirc.

En 1285 las tropas de Felip l'Ardit acamparon junto al monasterio, para preparar el asalto al puerto de Roses y con la intención de conquistar Cataluña. Las tropas francesas habían sido detenidas en el puerto de Panissars por el ejercido del rey Pere el Gran y buscaron un paso alternativo. Algunas fuentes afirman que serían los mismos monjes de Sant Quirze los que ayudaron a los franceses a cruzar los Pirineos.

Pocos años más tarde, en 1288, el cenobio sufrió una nueva invasión, en este caso por parte de Jaume de Mallorca al frente de tropas francesas. En este caso la invasión provocó graves daños en el monasterio y la pérdida de elementos litúrgicos.

A partir del siglo XV empezó el declive del monasterio, que se agravó el año 1592 cuando pasó a depender del de Sant Pere de Besalú. Con la desamortización del 1835 fue subastado y lo adquirió el general ampurdanés Ramon de Nouvilas y de Ràfols. En 1994 sus descendentes lo vendieron al Ayuntamiento de Rabós por el simbólico precio de 1.000 pesetas. Desde entonces se están llevando a cabo varias campañas de restauración para devolverle la dignidad que se merece este monumento medieval.

La iglesia es de planta basilical con tres naves acabadas en un transepto destacado, en el que se abren tres ábsides semicirculares.

Por la parte exterior los ábsides están decorados siguiendo los cánones lombardos  con arcos ciegos y lesenas.

El templo se construyó aprovechando buena parte del templo construido en el siglo X. Este también tenía tres naves y tres ábsides, si bien los laterales eran rectangulares. Durante las excavaciones realizadas a finales del siglo XX se descubrió la cabecera de esta iglesia, que se ha dejado a la vista.

El ábside principal está decorado con cinco arcos, que descansan en un alto podio. Sus capiteles son lisos y destacan por su simpleza. En el arco central se abre una sencilla ventana de medio punto y doble derrame.

Los ábsides laterales no tienen esta decoración. En 2006, durante las obras de restauración que se están realizando, salieron a la luz restos de pinturas murales en el ábside sur.

A pesar de su grave estado de degradación, todavía podemos ver la mandorla en la que había sentada una majestad.

A ambos lados encontramos el sol y la luna y dos ángeles. El del lado izquierdo está muy fragmentado, mientras que el del lado derecho se ha conservado en bastante buen estado.

En un nivel inferior todavía se puede ver parte de la apostolado, que se distribuía a ambos lados de la ventana.

Completan la decoración pictórica conservada unos fragmentos situados en el intradós del arco triunfal.

Posteriormente, entre el ábside principal y la absidiola sur se construyó una pequeña capilla a la que se accede por un arco apuntado.

La nave principal está cubierta con bóveda de cañón, reforzada por arcos fajones. Estos están adosados a los pilares rectangulares dónde se apoyan los arcos formeros de medio punto, que separan las naves.

Las naves laterales, muy estrechas,  están cubiertas con una bóveda de cuarto de círculo.

En el siglo XII se hundió la parte noroeste del templo. Entonces se optó por no reconstruir este espacio y se redujo la longitud del templo, construyendo una nueva fachada a la altura del primer arco toral. La nueva puerta es de factura muy sencilla, con un doble arco de medio punto en gradación, dintel y tímpano. Coronan la actual fachada los restos de una espadaña.

El único fragmento que queda en pie del claustro es el que está adosado a la iglesia. La construcción es del siglo X, coetánea de la basílica consagrada en el año 935. Tenía planta cuadrada de pequeñas dimensiones. Bien entrado el siglo XII se reformaron las otras tres galerías del claustro de acuerdo con las tendencias de la época. Las ensambladuras de las vigas que podemos encontrar en el muro de poniente nos hacen pensar que estas nuevas galerías tenían cubierta de madera, lo que explicaría que no se hayan conservado. En este caso tenían capiteles esculpidos, que fueron expoliados durante la época de abandono del monasterio. Sólo se han conservado dos capiteles, reaprovechados en una ventana de la abadía.

En la galería que se ha conservado podemos ver dos grandes ventanas geminadas. Las pequeñas columnas destacan por su color blanquinoso, debido a que están realizadas con piedra calcárea. Sus capiteles son de tipos mensuliforme, de gran arcaísmo. La galería todavía conserva parte de su bóveda de cuarto de círculo. Un muro de factura posterior divide la galería, que previsiblemente será demolido durante las obras de restauración que se están llevando a cabo.

Del resto de dependencias monacales románicas se ha conservado bien poca cosa. El edificio más interesante se encuentra en el sector de poniente. Tiene una planta rectangular muy alargada y cubierta con una bóveda apuntada. Esta se derrumbó parcialmente y se decidió construir un muro que separaba el sector dónde todavía se conservaba la bóveda del que la había perdido.

Parece ser que esta sala era el refectorio del monasterio, pero algunos historiadores afirman que sus dimensiones eran demasiados grandes para ser el únicamente el refectorio y probablemente estaba dividido en varias  estancias, entre ellas el dormitorio. Todas estas opciones se tendrán que confirmar o desmentir durante las obras de restauración que se están llevando a cabo, en que se retirará el muro que divide la sala y se reconstruirá la cubierta en aquel sector en que se hundió.

A mediodía encontramos un edificio de grandes dimensiones. Fue edificado en los siglos XIV o XV, sobre otras estructuras más antiguas. Era el palacio del abad.

La sala inferior está cubierta con una bóveda de cañón, reforzada con dos arcos fajones dovelados.

En la fachada sur se abren dos grandes ventanales góticos con ventanas tríforas, dos capiteles de las cuales son reaprovechados del claustro románico del siglo XII. Este edificio era utilizado como vivienda durante los años en que el monasterio fue una propiedad privada. Esto ha provocado que se mantuviera en pie, pero con numerosas modificaciones. Durante los años que el cenobio estuvo deshabitado se robó un tercer capitel. En la explanada que hay detrás los ábsides se encontraba el patio de armas del monasterio. Hay que recordar que desde el siglo XIV el monasterio tenía poder civil y religioso sobre la zona. En este sector es dónde se conservan algunos de los elementos con que fue fortificado el cenobio.

El elemento más destacado es la torre angular de planta rectangular. Inicialmente estaba coronada con almenas, que se eliminaron por aumentar su altura y construir la cubierta actual. A unos veinte metros hacia el sur había otra torre de características similares, de la que sólo se conserva su base.

La torre se une al brazo norte del transepto por un lienzo de muralla de un treinta metros de longitud. Desgraciadamente la altura del muro que se ha conserva es muy pequeña, pero todavía se pueden ver numerosas saeteras.

Un muro paralelo a este, formaba la fachada que daba al patio de armas. Su estado de conservación es irregular, conservándose mejor el sector más próximo a la cabecera de la iglesia. En él se abren dos puertas con un arco de medio punto dovelado.

En la moderna iglesia de Sant Quirc, construida en el siglo XIX, se conserva la pila bautismal del monasterio, datada a finales del siglo XIII o principios del XIV. La parte más baja es lisa, mientras que la superior está esculpida con un friso en el que podemos ver algunos elementos vegetales. También se conservan en este templo dos aras de altar lisas, procedentes del cenobio.

Justo en frente podemos observar la antigua iglesia parroquial de Santa Maria.

Al norte de esta iglesia encontramos los restos de una edificación que podría ser el hospital del cenobio, construido en 1348 extramuros del monasterio.

Desde aquí querría agradecer la deferencia que el Ayuntamiento de Rabós d'Empordà ha tenido con esta página web, permitiéndonos el acceso al monasterio durante las obras de restauración, para poder fotografiar la evolución de las obras que se están llevando a cabo.