Se encuentra situado a las afueras del recinto de la Força Vella de la antigua Girona, al otro lado del río Galligants. Justo enfrente está la pequeña iglesia de Sant Nicolau.

Esta abadía benedictina tiene sus orígenes hacia el año 992, cuando el conde Ramon Borrell vendió sus posesiones en el Arrabal de Sant Pere al abad. En el año 1117 fue anexionada al monasterio de la Grasa (en el Llenguadoc), pese a que no dejó nunca de tener abad.

Unos años más tarde, hacia el año 1131, se inició la construcción de la iglesia actual bajo el patrocinio de Ramon Berenguer III. Tiene planta basilical con tres naves y crucero con cuatro ábsides orientados hacia el este. Es un hecho curioso, ya que en el lado del campanario sólo encontramos un ábside y en cambio en el otro lado del crucero se pueden encontrar dos de dimensiones inferiores. El crucero está acabado al norte con otro ábside, lo que hace pensar que originariamente existía otro templo con tres ábsides en forma de cruz y cimborio, como la iglesia vecina de Sant Nicolau. Sobre este cimborio se levantaría el campanario octogonal, que es el único elemento de cabecera que mantiene decoración lombarda.

Su campanario es de planta octogonal con medias torres en la base y dos pisos de ventanas geminadas. La cabecera, tal y como se puede ver en las imágenes antiguas, formó parte de la muralla de la ciudad desde el siglo XIV y por lo tanto a lo largo de los años fue muy modificada y sufrió importantes daños. Fueron especialmente importantes los provocados durante la Guerra del Francés, momento en que la artillería francesa bombardeó el monasterio desde el Castillo de Montjuïc. El estado de ruina del monasterio propició la desaparición de diferentes elementos litúrgicos y del coro.

En el año 1835, después de la desamortitzación se convirtió en cuartel de la Guardia Civil hasta el año 1870 en que se recuperó como museo, momento en que se añadieron dos plantas al claustro. En la década de los sesenta se iniciaron las obras de restauración que le devolvieron el aspecto original.

La nave principal está cubierta con bóveda de cañón reforzada por arcos fajones que se apoyan en robustas columnas adosadas. Los capiteles están decorados, si bien su talla es algo tosca. Una moldura decorada recorre la nave por el punto dónde arranca la bóveda. Las naves laterales están cubiertas con bóveda de cuarto de círculo sin arcos fajones. La separación entre naves se hace a través de arcos formeros de medio punto, que se sustentan en pilares de planta cuadrada, dónde están adosadas las columnas de la nave principal.

El ábside principal está precedido de un amplio presbiterio. Este ábside está decorado con una serie de arcuaciones ciegas que se apoyan en columnas cilíndricas con capiteles ricamente esculpidos. Los dos más exteriores se han perdido. También podemos observar la decoración de la moldura, que recorre el ábside por sobre los arcos. La iluminación de este espacio se consigue a través de tres ventanas de medio punto. La central estaba decorada externamente. Quedan restos de dos capiteles y del guardapolvo.

En la fachada principal del templo destacan el gran rosetón y la portalada. La puerta está formada por cinco arquivoltas de medio punto en gradación apoyadas en dos pares de columnas. En los capiteles podemos ver esculpidos pájaros y otros animales. Las arquivoltas están decoradas con motivos geométricos.

El rosetón está formado por dos círculos concéntricos unidos por ocho columnas radiales con capiteles en los dos extremos. El rosetón que encontramos en la fachada es una reproducción del original, que se encuentra en el interior del templo, en la absidiola del lado norte del transepto.

El claustro se encuentra situado a la parte sur del templo y se construyó entre 1154 y 1190. Se trata de un claustro con unas dimensiones inferiores al de la Catedral , pero mantienen muchas similitudes. El claustro de Sant Cugat del Vallès, de construcción posterior, también mantiene algunas características constructivas y escultóricas  similares.  Numerosas lápidas funerarias hebreas procedentes del cercano cementerio de Montjuïc (siglos XII-XV) fueron aprovechadas en la construcción de las paredes del claustro.

En el año 1592 el monasterio recuperó la independencia y se le anexionaron los monasterios de  Sant Miquel de Cruïlles y de Sant Miquel de Fluvià . En el año 1835 la comunidad monástica lo abandonó. En la actualidad es la sede del Museo Arqueológico de Girona.