La iglesia de Sant Joan de Mata era una posesión de Santa María de Ullà, según un documento del año 1182. Unos años más tarde, en 1228, el canónigo Bernat de Monells cedió la villa de Matajudaica al obispo de Girona Guillem de Cabanelles, que posteriormente cedió a la mitra en testamento.

El templo que podemos ver fue edificado en el siglo XII, pero muy modificado en el siglo XVI y especialmente en el XVIII.

Iglesia de una sola nave con capillas laterales añadidas a lo largo de los siglos. La nave está acabada en un ábside semicircular.

Es precisamente el ábside el único elemento románico visible desde el exterior, aunque está parcialmente oculto. En el centro se abre una ventana con forma de aspillera por la parte exterior y derrame por el interior.

La puerta actual se construyó en 1797, tal y como consta esculpido en el dintel.

Originariamente la puerta estaba en el muro sur, que no nos ha llegado, pues se reconstruyó posteriormente. Es esta segunda puerta la que se puede ver actualmente cegada.

En el Museo de Arte de Girona se conserva una lipsanoteca de madera procedente de este templo. Está decorada externamente con bandas de pintura, muy deterioradas, de colores negro y rojo. Está datada a finales del siglo XII.