La primera referencia que encontramos del lugar de Canapost data del año 904, cuando aparece citado en el acta de consagración de la iglesia de Santa Maria, Sant Miquel y Sant Joan de Fontanet en la Bisbal. En 1019, el obispo Pere de Carcasona comenzó la remodelación de la catedral de Girona. Para llevar a cabo esta gran empresa necesitó numerosas donaciones, entre las que figuraba un alodio situado en la parroquia de Canapost cedido por un tal Sunifred. Es la primera vez que aparece documentado el templo de Sant Esteve.

Se cree que a finales del siglo XIII pasó a ser una sufragánea de Sant Esteve de Peratallada, pero no está clara esta dependencia y algunas fuentes creen que las dos iglesias compartían la función de parroquia. Actualmente depende de la parroquial de Peratallada.

En realidad nos encontramos ante dos iglesias adosadas. La más antigua es la del lado derecho. Se construyó en el siglo IX o X y es prerrománica.

La primitiva iglesia tiene una nave de planta rectangular, que está acabada en un ábside trapezoidal.

Este está precedido de un transepto elevado, que no sobresale en planta, característico de la época. Está cubierto con una bóveda de herradura, en la que encontramos restos de pinturas murales de finales del siglo XII o principios del XIII. Fueron recuperadas y restauradas entre los años 1999 y 2002.

En la parte este de la bóveda se representó la escena de la entrada de Jesús en Jerusalén.

A la izquierda de la escena hay tres personajes, nimbados (apóstoles) que siguen a Cristo que encima un pollino.

Entre la figura de Jesús y la ciudad de Jerusalén encontramos un grupo de personas. En un primer término vemos a un hombre disponiendo dos capas en el suelo delante del asno sobre el que va Cristo. Otros personajes llevan palmas.

Bajo esta escena se representó otra, actualmente muy erosionada y que no podemos identificar. Sólo se han conservado cuatro imágenes nimbadas muy dañadas. La parte mejor conservada es la mano de uno de ellos, que parece señalar algo.

También se conserva un pequeño fragmento de una inscripción donde podemos leer REhE[M]. No conocemos el significado debido a que solo se conserva este pequeño fragmento.

En el sector occidental de la bóveda del transepto se representa la escena de la Santa Cena. En el centro de la mesa estaba representado Cristo, flanqueado por los apóstoles.

Desgraciadamente sólo se han conservado en un estado aceptable las figuras situadas en el lado derecho. Al otro lado de la mesa está sentado Judas, ante Jesús. Cristo señala con una mano un cáliz que en la mesa y la otra mano la acerca a la boca de Judas, escena narrada en el Evangelio de San Juan.

Bajo esta escena encontramos un grupo de personajes nimbados, uno al lado del otro.

En el extremo derecho vemos a Jesús a punto de lavar los pies a San Pedro. El resto de personajes son los otros apóstoles esperando su turno.

También encontramos restos de pintura en el arco que comunica la iglesia con el campanario. Se trata de un elemento de tipo vegetal.

En el resto del templo se han conservado fragmentos muy escasos de pintura mural. En el lado norte de la nave, en el sector más cercano al transepto, vemos dos piernas desnudas de un hombre sobre un fondo azulado. A su lado parecería que hay otra pierna, aunque muy desdibujada. Estas piernas de hombre han sido identificadas como las piernas de Adán.

En la parte central de la bóveda de la nave y tocando al presbiterio encontramos un minúsculo fragmento de pintura mural. Sobre un fondo de color azul se ven los restos de una aureola y lo que parecería un ala de color rojizo. Los estudiosos han indicado que podría tratarse de un fragmento de un ángel.

En el lado sur de la torre hay otro pequeño fragmento donde vemos una figura cubierta con un manto de color rojo y con la cabeza nimbado, que pone la mano en el hombro de otro personaje. Este está vestido con lo que parece una piel de animal de color gris. Delante están los restos de otra figura humana vestida con pieles de color marrón. Se cree que representa la expulsión de Adán y Eva del Paraíso.

También se ha conservado un fragmento algo mayor en el muro norte del presbiterio. Vemos una parte de una figura humana vestida con una túnica clara y manto de color marrón. Justo debajo hay una inscripción donde leemos VM MAGNVM. Desgraciadamente estos datos no son suficientes para interpretar sin margen de error el significado de esta escena.

La nave está cubierta con una bóveda de cañón muy rebajada, de la que aún se conserva parte del encañado. A la vista de los restos de pinturas murales conservadas, estaba decorada con escenas del Génesis referentes al Pecado Original.

El ábside es más pequeño y estrecho que la nave. Está cubierto con una bóveda de cañón.

Sorprende la falta de un arco toral y un arco triunfal, habituales cuando hay un transepto elevado. El hecho de que los ángulos donde debería haber el arco triunfal hayan sido achaflanados, hace pensar en que probablemente el arco tendría perfil de herradura y en algún momento se habría eliminado, cuando esta tipología de arcos no era bien vista.

En el centro del ábside se abre una ventana de un derrame.

En la parte exterior del muro este podemos ver uno de los elementos más interesantes de este templo. Se trata de la cornisa que recorre el perfil a dos aguas del tejado. Su excepcionalidad reside en el hecho de que presenta una decoración a base de motivos romboidales y es uno de los pocos ejemplos de decoración prerrománica conservados en Cataluña.

En el muro sur encontramos la puerta de este primer templo, que fue reformada en época románica. Está formada por dos arcos de medio punto dovelados en gradación que no acababan de encajar entre ellos.

En este mismo muro podemos observar fragmentos de opus spicatum.

Entre los siglos XI y XII se añadió una segunda nave románica en el lado norte. Como ya hemos dicho anteriormente, el conjunto tiene más la apariencia de tratarse de dos iglesias adosadas y no de una con dos naves.

La comunicación entre ambas se resolvió abriendo tres arcos de medio punto a modo de arcos formeros. Estos arcos son dobles, pues los de la nave norte se construyeron a modo de arcos formeros donde descansa la bóveda.

Curiosamente la luz y la altura de los arcos no es la misma en las dos naves y por tanto no coinciden.

La nave románica también tiene planta rectangular. Está cubierta con bóveda de cañón hechas con piedras pequeñas unidas con abundante mortero.

La nave está rematada al este por uno con un ábside semicircular. Este está cubierto con una bóveda de cuarto de esfera y tiene una ventana de un derrame en la parte central. Está precedido de un corto espacio presbiteral.

Exteriormente está decorado con un friso de arcos ciegos bajo el tejado, que se apoyan en pequeñas ménsulas lisas.

Otro de los elementos más característicos es el campanario inacabado. Se adosó al muro sur del transepto, en el que se abrió un arco de medio punto adovelado para comunicar las dos estancias.

Se comenzó a edificar en el siglo XII en estilo lombardo.

El primer piso no tiene aberturas. En la segunda planta encontramos dos ventanas de medio punto en cada uno de sus muros, enmarcadas por lesenas esquineras, un friso de arcos ciegos y un friso de dientes de sierra.

Los arcos ciegos están acabados en ménsulas, muchas de ellas esculpidas con cabezas humanas y animales o motivos geométricos.

Como mínimo se proyectó un piso más, si bien éste no se llegó a construir. Sólo se levantaron unos centímetros las pilastras de los extremos y algunas centrales. Posteriormente se unieron estas pilastras con pequeños muros hechos con argamasa y pedruscos para fortificar la torre.

En el muro oeste de la nave románica exponen algunos elementos encontrados en el templo o en sus cercanías como son capiteles y sillares esculpidos.

Encontramos un sillar esculpido con una cruz circunscrita, que ha sido reaprovechado en el muro de la nueva fachada.

No se conserva en el templo si no en el Museo de Arte de Girona, un interesante retablo gótico dedicado a la Virgen de la leche. Este retablo se veneraba en el ábside de la iglesia románica.

Se trata de un retablo de finales del siglo XV obra del maestro de la Lonja de Perpiñán, también conocido como el maestro de Canapost. Está dividido en tres calles de dos pisos y la predela, que desgraciadamente se ha perdido casi por completo.

En la calle central vemos en la imagen de la Virgen dándole el pecho al niño Jesús, flanqueada por dos ángeles.

Encima vemos el habitual calvario en los retablos góticos.

En las calles laterales a San Bernardo y San Nicolás. Este último ocupa el lado izquierdo. Está representado con capa pluvial, mitra y báculo.

Encima se representa uno de los milagros atribuidos al santo, donde protege a un barco en medio de una tormenta.

San Bernardo aparece vestido con el hábito blanco de los cistercienses, pero al mismo tiempo lleva un báculo abacial y un libro, que lo representan en su vertiente de doctor de la iglesia.

Encima se ha representado la leyenda en que el santo estaba orando pidiendo la intercesión de María, cuando un chorro de leche comenzó a brotar de la imagen de la Virgen con el Niño.

En el siglo XVIII se decidió construir una nueva fachada en el muro oeste, que también quedó inacabada. Se abrió una nueva puerta en estilo barroco.

Encima estaba proyectado un óculo, que no se llegó a colocar en la fachada. Este se puede observar hoy en día detrás del ábside románico, en el suelo.

En esta zona, como era habitual, hay una necrópolis medieval. Entre los años 2004 y 2005 se realizaron excavaciones arqueológicas que permitieron descubrir numerosas tumbas antropomorfas y sepulcros hechos con losas de piedra arenisca.