El monasterio benedictino de Santa Maria está actualmente en estado ruinoso. Tuvo una época de gran importancia, cuando Roses era un puerto importante de la Corona Catalana. El rey Pere III partió de esta villa cuando fue a la conquista de Cerdeña. Fruto de esta importancia se construyó la fortaleza para defenderla de los turcos y los piratas. 

Las primeras noticias documentadas de Santa Maria datan de bien entrado el siglo X. Concretamente en el año 944 cuando aparece citada, en un precepto del rey Lluís de Ultramar, como una pequeña celda monástica, dependiente de Sant Pere de Rodes. Esta vinculación no duró demasiado, pues en el año 960 pasó a ser un monasterio independiente.

En el año 1022, en tiempo del abad Ramon Hug, se consagra un nuevo templo, para la construcción del cual fue necesario demoler completamente el anterior.

El monasterio era considerado como la iglesia de los condes de Empúries.  En el año 1035 Hug I vendió la mitad del cenobio a su esposa Guisla, la cual al morir, lo donó a la sede de Girona. 

A partir del siglo XV el monasterio entra en decadencia, que culminará el año 1592, cuando pasó a depender de Santa Maria de Amer por orden del papa Clemente VIII. Durante los siglos posteriores la villa fortificada fue una plaza fuerte en los conflictos bélicos. Durante la Guerra Grande la iglesia fue parcialmente destruida y abandonada en el 1795, momento en que se construyó una nueva fuera de los muros. A partir de este momento tanto la ciudadela como el monasterio serán abandonados y se irán degradando progresivamente. El ábside principal se derruyó parcialmente entre 1920 y 1931 y fue reconstruido en la década de los sesenta. También se reconstruyó la fachada con elementos encontrados in situ.

La iglesia fue construida en el siglo XI con planta basilical, transepto destacado en planta y tres ábsides semicirculares.

Actualmente no se conservan más que algunos restos de las bóvedas y algunos arcos. De los restos podemos deducir que la nave principal y los brazos del transepto estaban cubiertos con una bóveda de cañón, mientras que las naves laterales tenían bóvedas de cuarto de círculo.

Las naves estaban separadas por pilares cruciformes, donde estaban adosadas las pilastras donde descansaban los arcos fajones y formeros.

En algún momento indeterminado se sustituyeron los pilares adosados del arco fajón más próximo al presbiterio de la nave central por una ménsula esculpida. Sólo se ha conservado la del lado norte, dónde están representados dos ángeles.

El transepto también estaba cubierto con bóveda de cañón. El ábside principal estaba decorado externamente con arcuaciones lombardas y lesenas.

Por la parte interior también está decorado con arcos de medio punto apoyados en columnas adosadas.

También tenían decoración lombarda los muros exteriores, como se puede comprobar en los restos que quedan del muro norte.

También se pueden encontrar decoraciones similares en los muros interiores, cosa que no es demasiado habitual.

Los ábsides laterales, en cambio, son totalmente lisos, tanto interiormente como exteriormente.

La absidiola sur tiene empotrado el fragmento del ábside de una construcción anterior. De hecho bajo la iglesia abacial se han encontrado restos de una basílica paleocristiana.

Sobre la nave norte se levantaba un campanario del cual quedan pocos vestigios.

También podemos encontrar restos del claustro situado en el lado sur de la iglesia. Tenía forma rectangular y casi no se han conservado vestigios, únicamente la base dónde reposaban las columnas y la cisterna central.

Una pequeña puerta, formada por un arco de medio punto dovelado, comunicaba el templo con el cementerio de la comunidad.

Quedan algunos restos de los muros que defendían el monasterio, realizados con opus spicatum y una torre cilíndrica en el ángulo suroeste, construida posteriormente al recinto primitivo.