Las primeras noticias escritas que tenemos de este edificio son del año 1089, cuando los señores de Navata renunciaron a los derechos que tenían sobre la canónica. Parece ser que el siglo XII fue el momento en que este priorato disfrutó de mejor salud. La basílica y gran parte de las dependencias que se conservan son de esta época.

La iglesia tiene de tres naves acabadas en tres ábsides fortificados. El central está decorado interiormente por unos arcos añadidos en una reciente reconstrucción. La nave central tiene bóveda de cañón ligeramente apuntada, mientras que las laterales están cubiertas por bóveda de cuarto de cañón.

La fachada es la parte más destacable del edificio. Se diseñó flanqueada por dos grandes torres que no se llegaron a construir. En el lado derecho se empezaron a levantar dos grades ventanales que no se acabaron y posteriormente se aprovecharon por poner las campanas. La portalada está ricamente decorada. Formada por seis arquivoltas, todas ellas decoradas con motivos vegetales, geométricos o animales. También destacan los cuatro capiteles corintios.

Durante la invasión napoleónica se quemaron el archivo y algunas dependencias monacales. Estas han sido muy alteradas con el paso de los años y sólo nos quedan algunos restos. Por un pasillo interior que pasa bajo la casa prioral accedemos a una bonita plaza dónde se puede observar la antigua iglesia de Sant Joan, que al hacer las ampliaciones del siglo XII pasaría a ser una dependencia más del monasterio y la sala capitular. Destacan de esta sala los cinco ojos de buey que dan a la plaza. Por otro pasillo accedemos al antiguo claustro, del cual sólo nos queda la estructura del patio. Algunos capiteles han sido reaprovechados dentro de la iglesia. Actualmente estos edificios están ocupados por dependencias municipales.

El año 1851 fue suprimida la comunidad y se trasladó la parroquia a la iglesia de Sant Feliu, construida en el siglo XVIII en la parte más elevada del pueblo.