Las primeras noticias de una edificación religiosa en este lugar las podemos encontrar en un diploma del rey Lotario (954-986) en el que se habla de un pequeño habitáculo con su iglesia dedicada en Santa María.

Alrededor del año 1060,  Pere Rigall, cuidador de la iglesia, invita a unos clérigos a vivir en comunidad. Gracias a diferentes donaciones, en el año 1080 se inicia la construcción de un nuevo cenobio. El once de noviembre del 1100 fue consagrada la iglesia.

En el interior de la nave se conserva el sepulcro de Pere Rigall.

Durante los siglos XII y XIII la canónica fue aumentando su patrimonio y su poder que perduró hasta el siglo XV. En el 1295 se casó aquí el rey Jaume II con Blanca de Anjou. A finales del siglo XIV el rey Pere III lo puso bajo protección real y unos años antes había autorizado la construcción de las defensas del monasterio.

Junto a la fachada se puede observar el campanario de torre de estilo lombardo (siglo XII). Tiene planta cuadrada y tres pisos de altura. En cada piso podemos encontrar una ventana geminada de medio punto por cada lado. Encima de cada ventana hay cuatro arcos ciegos y un friso de dientes de sierra, que hace de separación entre pisos. El tejado es de cuatro vertientes.  Originariamente se proyectó hacer otro campanario flanqueando la entrada, pero no se llegó a construir nunca.

La iglesia, del siglo XII, tiene planta basilical con tres naves acabadas en tres ábsides y un pequeño crucero. La nave central está cubierta con bóveda de cañón reforzada por cuatro arcos fajones. Estos arcos se apoyan en columnas adosadas a los pilares. Las naves están separadas por arcos formeros de medio punto apoyados en semicolumnas adosadas a los pilares. Las naves laterales tienen bóveda de cuarto de círculo.

El ábside central está decorado por su parte exterior por un friso de dientes de sierra, mientras que en el interior podemos encontrar siete arcos ciegos apoyados en columnas con los capiteles esculpidos de una manera muy simple. La ventana de medio punto del ábside central está decorada externamente con un friso de dientes de sierra que lo rodea totalmente.

La puerta actual es del siglo XVIII y debía ser monumental para sustituir a la original, pero no se acabó nunca.

El claustro por su parte, de forma trapezoidal, destaca por la sencillez de sus arcos y capiteles simples. Se construyó entre los siglos XII y XIII. Las galerías están cubiertas con bóvedas de cuarto de círculo. Cada galería está formada por ocho arcos de medio punto apoyados en parejas de columnas o pilares alternándose unos y otras. En la galería este hay dos parejas de columnas en lugar del pilar central. Es una solución similar a la que podemos encontrar en el claustro de Sant Pere de Galligants.  En las galerías este, oeste y norte podemos ver un friso de dientes de sierra que recorre todo el muro por encima de los arcos.

Los capiteles están decorados básicamente con un diseño inspirado en los capiteles corintios, pero mucho más simples. Podemos ver cuatro grandes hojas en las esquinas. También podemos ver algún capitel más trabajado, pero siguiendo la temática vegetal.

Destacan por su simplicidad las otras dependencias anexas al claustro, como la sala capitular y la antigua sacristía, situadas en el lado este. Sobre ellas se encuentra el dormitorio gótico, que actualmente no es visitable. En el lado sur encontramos el refectorio y a su lado, en el ángulo suroeste, se encontraba la cocina, de la que destaca su bóveda de arista, reforzada con gruesos nervios. 

En el siglo XVIII se añadió al flanco norte de la iglesia la nueva sacristía y la capilla de los Dolores dónde se guarda una cruz de plata del siglo XIV.

Es la cruz procesional de orfebreria gótica más grande de Cataluña, con 1,60 metros de altura por un metro de ancho de brazos. Pese a que su decoración es gótica, presenta todavía la forma típica de las cruces románicas. Está construida en madera de roble recubierta por finas láminas de plata dorada. Los medallones de los brazos están decorados con piedras preciosas y algunos elementos reaprovechados de época greco-romana. La cruz presenta la figura de Cristo crucificado con cuatro pequeños círculos en qué se representa a los evangelistas. En los dos brazos laterales aparecen San Juan y la Virgen María, en la parte superior un ángel sosteniendo el sol y la luna y en la inferior posiblemente Adán o Lázaro.

Durante el verano del 2008, restauradores del Centro de Restauración de Bienes e Inmuebles de Cataluña procedieron a restaurar la cruz. Al separar los medallones para asegurar su sujeción se localizaron unos documentos en el interior de la cruz. Se trata d’unos fragmentos de documentos de finales del siglo XIII o principios del XIV, que confirman l’origen gerundense de la cruz debido a que se pueden leer términos en catalán y en latín, entre los cuales destaca una referencia a la Sede de Girona. Cuando se devuelva la cruz a la canónica esta se ubicará en la capilla gótica de los Rocabertí, que también se está restaurando.

El siglo XV fue el momento en que se construye el palacio abacial y parte de las murallas y fortificaciones. Al ser un recinto fortificado provocó que durante las guerras entre el rey Joan II y la Generalitat se refugiaran tropas en el monasterio.

Durante muchos años el palacio estuvo abandonando, motivo por el que se fue degradando. Desde hace unos años se está rehabilitando todo el edificio y restaurando sus salas, para utilizarlas con fines culturales.

En el año 1794, durante la ocupación francesa de l'Empordà en la Guerra Gran, el monasterio fue saqueado, las tumbas de la iglesia destrozadas y se perdió la biblioteca y el archivo.

En el año 1835 se produce la desamortización de la canónica, pasando la iglesia a ser parroquia y las dependencias a manos particulares. Después de la guerra civil del 1936, el monasterio fue utilizado como cuartel, momento en que se empiezan a hacer obras de consolidación del edificio. A partir del 1948 se demolieron las fortificaciones situadas encima de la iglesia y se eliminan edificaciones añadidas al claustro.