El testamento del maestro Ponç de la sede de Girona, del año 1064, es el primer documento donde aparece citada la parroquia de Sancte Pelagie.

El templo actual se construyó entre los siglos XVII y XVIII aprovechando el anterior templo románico, al que se cambió la orientación. El antiguo ábside románico fue derruido para construir la nueva fachada y en el muro oeste se construyó un ábside poligonal.

El revoque de los muros y la falta de un estudio detallado del templo impiden identificar las partes románicas de las barrocas. La parte más evidente corresponde al espacio donde encontramos la puerta de acceso al templo y el coro elevado. Esta parte es más estrecha que el resto del templo y está cubierta con una bóveda de cañón reforzada por dos arcos fajones, que descansan en pilares adosados.