Situada dentro el cráter del volcán de Santa Margarita, debido a que según la tradición en este lugar fue encontrada la imagen de esta santa mártir del siglo III.

El templo fue edificado en el siglo XII, si bien no aparece documentado hasta el año 1403, cuando Bernat de Terrada, rector de Sant Miquel de la Cot, parroquia a la que pertenece el templo de Santa Margarita, le dejó  10 sueldos en su testamento.

En 1436 se restauró el templo tras haber sufrir serios desperfectos en los terremotos de 1427 y 1428.

Durante los  siglos XVI y XVII fue necesario hacer algunas restauraciones, para poder seguir ofreciendo el culto en condiciones.

El templo es de sencilla factura, siguiendo la tipología de los templos rurales de la zona, con una sola nave, rematada por el este con un ábside semicircular. Sólo una pequeña ventana, situada en el muro sur, cerca de la cabecera ilumina el templo. La puerta de acceso se sitúa en el muro oeste.