Se tienen noticias de una edificación en este lugar ya por el siglo IX. Sufrió muchos desperfectos como consecuencia los terremotos del siglo XV. La planta del siglo XII fue modificada con posterioridad. Tiene un ábside semicircular en la cabecera, junto al que hay una pequeña absidiola de la posible estructura inicial del templo, que habría sido del tipo basilical con tres ábsides. En el siglo XVIII se demolió la otra absidiola. La que queda en pie quedó escondida por un nuevo altar que se hizo en el siglo XIX. En el altar mayor destaca la imagen gótica de alabastro de santa Margarita.

El ábside principal tiene tres ventanas abocinadas, con arcos en gradación tanto por dentro como por fuera.

La puerta de acceso al templo es neoclásica y en el interior se conserva una pila bautismal barroca.

En el municipio de La Vall de Bianya también podemos encontrar otros edificios románicos interesantes como son Sant Ponç de Aulina, Sant Martí de Capsec, Sant Feliu del Bac, Sant Marti de Solamal, Sant Pere del Puig, Sant Salvador de Bianya o Sant Andreu de Socarrats.