Dominando la bahía del Port de la Selva, está situado en la ladera de la montaña de Verdera, en la cumbre de la cual hay los restos del antiguo castillo de Sant Salvador de Verdera. Cerca del monasterio también podemos encontrar los restos del poblado medieval de la Santa Creu de Rodes, vinculado al antiguo monasterio y del que destaca la iglesia prerrománica de Santa Elena.

Los orígenes de este monasterio son confusos y ahora mismo resulta difícil decidir cuál fue el primer momento en que hubo una edificación religiosa en este lugar. Hay muchas hipótesis y leyendas fundamentadas por el hecho de no disponer de documentos que puedan ofrecer más luz sobre el tema. Una de estas hipótesis incluso se remonta a la época romana, donde podía haber existido un edificio religioso en la zona.

Las primeras noticias documentadas son del 878, cuando se hace referencia a una celda monástica vinculada a Sant Esteve de Banyoles. Durante algunos años hubo disputas por su tutela por parte del mismo monasterio de Banyoles, el de Sant Policarp de Rasés y la Catedral de Girona, que provisionalmente consiguió la tutela en el año 899. El año 962 pero, el monasterio inicia su época de esplendor gracias a su independencia y al liderazgo del primer abad Hidelsind, hijo de Tassi. El monasterio pasa a depender directamente de la Sede de Roma, lo cual le proporcionó más prestigio y en consecuencia un aumento considerable aumento de sus posesiones.

En el año 1022 se consagra la iglesia. Es el edificio más importante del monasterio. Situada en el norte del claustro. Dispone de 3 naves y crucero dónde se abren dos absidiolas. El ábside central tiene un deambulatorio, teniendo la misma anchura que las tres naves del templo. En la actualidad los tres arcos de la parte central del deambulatorio han sido sustituidos por un único arco, tal y cómo puede verse comparando las siguientes imágenes, en una más que discutida restauración. 

Bajo este ábside podemos encontrar una cripta. Su bóveda es anular y se apoya en una columna central. Algunas fuentes apuntan que el muro que rodea la columna podría ser el ábside de una primitiva edificación.

El hecho más destacado de la iglesia es su sistema de pilares, arcos y vueltas. Este tipo de construcción es único en Cataluña y hasta el momento no se han encontrado paralelismos directos con edificios de la época. Consiste en un doble nivel de columnas que soportan los arcos fajones de la nave y en un único tramo de columnas que soportan los arcos que separan las naves. Todos ellos arrancan de un alto podio.

Los capiteles tienen diferentes influencias, pero se pueden dividir en dos grandes grupos, todos ellos decorados. Los inferiores de la nave central son de tipo corintio clásico. Los otros, situados en las columnas superiores, son de tipo cúbico.

En el crucero izquierdo hay dos aperturas: una da a la sacristía y la otra a una escalera de caracol de 56 peldaños que conduce a una capilla que recibe el nombre de Sant Miquel. Se trata de un aposento de los siglos X-XI que se levanta sobre el crucero y la absidiola izquierda. Tiene bóveda de cañón y un ábside semicircular. Encima suyo se levanta la torre del mismo nombre.

En algunos puntos del deambulatorio todavia se conservan restos de pinturas murales datadas entre los siglos XI y XIII.

A la iglesia, en los años de jubileo, se accedía por la puerta principal que disponía de un atrio y una portalada decorada por esculturas del maestro Cabestany. Junto con el claustro, esta ha sido la parte del monasterio más devastada por las expoliaciones. En épocas de abando del monasterio, los fragmentos de mármol fueron extraídos incluso con dinamita (siglos XVIII-XX).

Durante las obras de restauración del monasterio se descubrió la existencia de un claustro primitivo (siglo XI) al cual se puede acceder desde el brazo sur del crucero. Los restos que nos han llegado indican que era un patio rodeado por arcos robustos. Se han encontrado pinturas murales en sus paredes, lo que plantea la duda de si todo el claustro podía estar decorado.

Posteriormente, entre los siglos XII y XIII se edificó un nuevo claustro encima del anterior. En este caso se construyó con arcos de medio punto sustentados por parejas de columnas con capiteles decorados. En la actualidad sólo queda en pie una pequeña parte del claustro original. El resto se ha reconstruido, incluso los capiteles decorados que se pueden encontrar (son réplicas de los originales que se han podido localizar en diferentes museos, como el de Perelada).

También destacan las dos torres que tiene el monasterio. La del lado de la iglesia es contemporánea al templo. El último piso, con ventanas geminadas piso fueron incorporadas con posterioridad. Era utilizada como campanario. El otro en cambio se inició su construcción hacia el siglo X y se trata de una torre de defensa, coronada posteriormente con una espadaña.

A partir del siglo XVII el monasterio entra en una época de decadencia y sufrió numerosos saqueos. Debido a su situación, las guerras con Francia también lo perjudicaron considerablemente. En el año 1708 el duque de Noailles se llevó la famosa Biblia, que ahora se puede consultar a la Biblioteca Nacional de París. En el año 1935 la Generalitat de Catalunya inicia la restauración. En el 1973 se inicia una segunda etapa de restauraciones que han dado al monasterio su aspecto actual. A continuación se pueden ver unas imágenes previas a estas restauraciones.