La iglesia de Vilafreser está documentada por primera vez en el año 1017, cuando se hace referencia a su dependencia del monasterio de Sant Esteve de Banyoles. En el siglo XII pasó a depender de Santa Maria de Vilabertran. En este mismo siglo podemos encontrar documentos que dan cuenta de las diferentes propiedades que tenían en la zona los monasterios de Sant Miquel de Fluvià y el de Sant Daniel de Girona.

El templo actual se construyó entre los siglos XVI y XVII. Está formado por una nave acabada en un ábside poligonal. Esta se alzó sobre una parte del templo románico. Así pues, cerca de la puerta de entrada todavía se pueden ver algunos sillares de formas alargadas y dispuestos regularmente.