La primera parroquia de Sant Cebrià dels Alls aparece documentada en el año 1064. Treinta años más tarde la condesa Eremssenda donó unos terrenos de esta parroquia al monasterio de Sant Feliu de Guíxols.

A partir del siglo XV la población de la zona fue disminuyendo. Aunque durante los siglos XVII y XVIII el macizo de las Gavarres disfrutó de una cierta prosperidad debido a la extracción de corcho de sus encinas, la llegada del siglo XIX comportó el abandono de la mayoría de parroquias. En 1829 el núcleo de Sant Cebrià dels Alls fue anexionado a Cruïlles y en 1955 el templo perdía la condición de parroquia. Desde entonces no ha vuelto a celebrarse el culto religioso. Ya en el siglo XX se produjo el abandono prácticamente total del pueblo. Durante este tiempo de dejadez, el templo ha sido víctima del expolio y de las inclemencias meteorológicas. En 1992 Francesc Albardaner compró el templo al obispado de Girona. Diez años más tarde el propietario firmó un convenio con el Consorcio de las Gavarres, mediante el cual cedía el uso de la iglesia durante veinte años a cambio de que se restaurara. En el futuro está previsto instalar un punto de información de las Gavarres.

Nos encontramos ante un edificio románico tardío, de finales del siglo XII o del XIII, que sufrió numerosas modificaciones entre los siglos XVII y XVIII.  Tiene una sola nave rectangular sin ábside diferenciado y cubierta con una bóveda ligeramente apuntada.

Gracias a las excavaciones realizadas durante el año 2007 en el interior del templo, se pudo descubrir las antiguas cabeceras románicas y prerrománicas.

El ábside del templo prerrománico se construyó entre los siglos VIII y IX. Tenía planta trapezoidal y se asentaba directamente sobre la roca.

Posteriormente y debido a las necesidades del culto, debido al aumento de la población, fue necesario construir un nuevo templo en el siglo XI. De este edificio sólo se han podido identificar los cimientos de su  ábside semicircular, debido a que los muros laterales fueron destruidos casi en su totalidad cuando se amplió nuevamente el templo.

Entre los siglos XVII y XVIII se amplió el templo con la construcción de dos capillas laterales y una sacristía.

La puerta de acceso, formada por un sencillo arco dovelado, se encuentra en el muro sur, que estaba coronado por una espadaña de dos ojos, que ya perdido sus arcos.

En una segunda fase de restauraciones se espera poder analizar los restos pictóricos que se conservan, si bien bastante deteriorados por la humedad y las filtraciones. Entre ellas encontramos una cruz de consagración.

Adosado al templo por el lado oeste encontramos un gran casal, conocido como el castillo de Camós.