La iglesia de sant Aniol de Finestres aparece documentada por primera vez en el año 922. Unos años más tarde, en 979 fue donada a la sede gerundense por Miró Bonfill, conde de Besalú y obispo de Girona. Formaba parte del término del castillo de Finestres, junto con las parroquias de Santa Maria de Finestres, Santa Maria de Santa Pau, Sant Esteve de Llémena y Sant Andreu de Sobre-roca, tal y como consta en un documento de 1323.

En 1364, el barón Hug de Santa Pau compró a la reina Elionor los derechos sobre los castillos de Finestres, Santa Pau y Sant Aniol. Esta compra fue ratificada un año más tarde por el rey Pere III, pero excluyendo las parroquias de Sant Aniol de Finestres, Sant Esteve de Llémena y Sant Andreu de Sobre-roca, que dependían de la ciudad de Girona. 

La iglesia tiene una sola nave, rematada al este por un ábside semicircular. Este está decorado exteriormente por un friso de arcos ciegos, agrupados de dos en dos y separados por lesenas.

Posteriormente se va sobrealzó el templo y se alargó la nave por el oeste, En el siglo XVIII se construyó la nueva fachada en el muro oeste, así como la torre de campanario.