El lugar de Pedra aparece documentado por primera vez en el año 965 en el testamento del conde Sunifred II de Cerdaña. La iglesia no aparece hasta finales del siglo XII cuando es saqueada y profanada por los cátaros. El obispo de la Seu describió este ataque con las siguientes palabras: "Fueron a reventar la iglesia de Pedra y dentro preparaban su comida y hacían fuego y muchos otros oprobios; subieron encima del baldaquín poniendo sus pies encima de los brazos de la cruz; se llevaron un libro y ocho medidas de trigo y harina que eran del cura ".

En 1936, la iglesia volvió a ser saqueada e incendiada. Esto provocó el derrumbe de la bóveda y del muro meridional. No fue hasta el año 1983 que la Generalitat de Cataluña la restauró y un año más tarde fue declarada Monumento Histórico-Artístico Nacional.

El templo tiene una nave de planta trapezoidal, que inicialmente estaba cubierta con una estructura de madera. En el siglo XII se sustituyó la cubierta por una bóveda de piedra, de perfil semicircular.

Para poder aguantar el peso de esta bóveda se reforzaron los muros laterales del templo con arcos formeros. Lamentablemente, sólo conservamos los del lado norte, pues como ya hemos comentado, el muro sur se derrumbó junto con la bóveda. En la restauración se optó por volver a construir una cubierta de madera.

Coincidiendo con la construcción de la torre de piedra, también se modificó la cabecera, construyendo un ábside semicircular con dos absidiolos semicirculares excavados en el muro a modo de crucero.

La absidiola del lado sur fue totalmente reformada. La del lado norte, en cambio, conserva la arcada pre-absidal apuntada y una ventana de un solo derrame.

El ábside principal es liso, de planta semicircular. En la parte central se abre una ventana de medio punto y abocinada, que por la parte exterior presenta dos arcos en gradación de piedra pómez.

La puerta de acceso actual se abre en el muro oeste, hecha en época barroca.

Esta puerta sustituyó a la original que se abría en el muro sur y de la que aún se conservan sus dovelas, colocadas de nuevo cuando se reconstruyó el muro. Por la parte exterior aún se conserva la primera dovela de la izquierda in situ , pues este fragmento de muro no se derrumbó, en la que está grabada una cruz.

Encima de la puerta actual hay una ventana de medio punto y un derrame, hecha con un arco monolítico por la parte exterior.

El muro oeste está coronado por una espadaña de dos ojos, muy modificado a lo largo de los siglos.

En el memorial del obispo de la Seu que hemos comentado antes, donde describía los desperfectos hechos por los hombres del vizconde de Castellbó y del conde de Foix, habla de un baldaquino de madera y una cruz románicos. Desgraciadamente ya no se conservan.

Si que podemos encontrar dentro del templo lo que parecen los restos de una pila bautismal y una pila de aceites. Desgraciadamente no hemos encontrado ninguna información referente a estos elementos.

Tampoco hemos encontrado ningún dato sobre las estelas funerarias y posibles fragmentos de sepulcro que encontramos distribuidos por la cabecera del templo.