Fortaleza documentada por primera vez en el siglo XI. Estaba situada en el condado de Besalú, en el término parroquial de Sant Pere de Navata. En este siglo se firmaron varios pactos entre los señores de Navata y el obispo de Girona en los que los primeros se comprometían a defender la parroquia de Sant Pere y su sagrera.

El año 1099 Bernat Adalbert de Navata donó el castillo al conde de Besalú a cambio de recibirlo después como feudo. Casi un siglo más tarde, en 1190, el rey Alfons I cedió en feudo a Bernat de Navata la villa de Peralada.

En 1249 Ermessenda de Navata y el Far se casó con Dalmau IV de Rocabertí . A partir de este momento las posesiones de los Navata pasaron a la familia de los Rocabertí. En 1272 el infante Pere, que actuaba como lugarteniente de Jaume I, permutó con Dalmau de Rocabertí los castillos de Navata y de Vilademuls, si bien  esta familia continuó ejerciendo de señores del castillo de Navata.

La fortaleza tenía planta rectangular y ocupaba una amplía explanada. En el lado norte un pequeño desnivel del terreno realizaba las funciones de protección natural del castillo, mientras que delante de los tres otros muros se construyó un foso de un tres metros de profundidad.

El lienzo del muro oeste es el que mejor se ha conservado, llegando a una altura de unos seis metros. Está flanqueado por dos torres, una circular a la izquierda y una cuadrada, más grande, a la derecha. En el muro se conservan siete ventanas rectangulares de factura posterior, así como algunas saeteras y almenas.

Del resto de los muros queda bastante poca cosa. Sólo se conserva un pequeño fragmento de unos ocho metros del muro norte y que no llega a los tres metros de altura.

En el ángulo nordeste se encuentran los restos de la capilla del castillo. Estaba dedicada a San Juan y la encontramos documentada por primera vez en 1251.

Tiene planta rectangular, sin cabecera destacada. Sobre ella se levantaba una torre rectangular que formaba parte de las defensas del castillo. El muro oeste ha desaparecido, pero todavía se conservan los muros laterales y el de la cabecera, en el que se abre un pequeño ojo de buey. También se ha conservado el arranque de la bóveda, que era de perfil apuntado.

En cada uno de los muros laterales se abre una ventana de medio punto abocinada, que al exterior se transforma en saetera. A nivel del suelo del muro este y del sur se abren tres ventanas en forma de saetera y una más en el muro norte, reforzando el carácter defensivo del edificio.