Les primeres notícies d'una edificació religiosa en aquest indret les podem trobar en un diploma del rei Lotari (954-986) en el que es parla d'un petit habitacle amb la seva església dedicada a Santa Maria.

Pels volts de l'any 1060, el prevere Pere Rigall, cuidador de l'església, convida a uns clergues a viure-hi en comunitat. Gràcies a diferents donacions, l'any 1080 va iniciar-se la construcció d'un nou cenobi. L'onze de novembre del 1100 va ser consagrada l'església.

En l'interior de la nau es conserva el sepulcre de Pere Rigall.

Durant els segles XII i XIII la canònica va anar augmentant el seu patrimoni i el seu poder que perdurà fins el segle XV. El 1295 s'hi va casar el rei Jaume II amb Blanca d'Anjou. A finals del segle XIV el rei Pere III el va posar sota protecció reial i uns anys abans va autoritzar la construcció de les defenses del monestir.

Al costat de la façana es pot observar el campanar de torre d'estil llombard (segle XII). Té planta quadrada i tres pisos d'alçada. A cada pis podem trobar una finestra geminada de mig punt per cada costat. A sobre cada finestra hi ha quatre arcs cecs i un fris de dents de serra, que fa de separació entre pisos. La teulada es de quatre vessants.  Originàriament es va projectar fer un altre campanar flanquejant l'entrada, però no es va arribar a realitzar mai.

L'església, del segle XII, té planta basilical amb tres naus acabades en tres absis i un petit transsepte. La nau central està coberta amb volta de canó, reforçada per quatre arcs torals. Aquests arcs es recolzen en columnes adossades als pilars. Les naus estan separades per arcs formers de mig punt recolzats en semicolumnes adossades als pilars. Les naus laterals tenen volta de quart de cercle.

L'absis central és decorat al exterior per un fris de dents de serra, mentre que a l'interior podem trobar set arcs cecs recolzats en columnes amb els capitells esculpits d'una manera molt simple. La finestra de mig punt de l'absis central està decorada externament amb un fris de dents de serra que l'envolta totalment.

La porta actual és del segle XVIII i havia de ser monumental per substituir a l'original, però no es va acabar mai.

El claustre per la seva banda, de forma trapezoïdal, destaca per la senzillesa dels seus arcs i capitells simples. Es va construir entre els segles XII i XIII. Les galeries estan cobertes amb voltes de quart de cercle. Cada galeria està formada per vuit arcs de mig punt recolzades en parelles de columnes o pilars alternant-se uns i altres. En la galeria est hi ha dos parelles de columnes en lloc del pilar central. És una solució similar a la que podem trobar en el claustre de Sant Pere de Galligants.  A les galeries est, oest i nord podem veure un fris de dents de serra que recorre tot el mur per sobre els arcs.

Els capitells estan decorats bàsicament amb un disseny inspirats en els capitells corintis, però molt més simples. Hi podem veure quatre grans fulles en les cantonades. També podem veure algun capitell més treballat, però seguint la temàtica vegetal.

Destaquen per la seva simplicitat les altres dependències del voltant del claustre, com la sala capitular i l'antiga sagristia, situades en el costat est. . Sobre elles es troba el dormitori gòtic, que té una coberta de fusta reforçada per arcs de diafragma apuntats. En l'ala sud trobem el refetor i al seu costat, en l'angle sud-oest, es trobava la cuina, de la que destaca la seva volta d'aresta, reforçada amb gruixuts nervis. 

Al segle XVIII s'afegí al flanc nord de l'església la nova sagristia i la capella dels dolors on es guarda una creu d'argent de principis del segle XIV.

És la creu processional d’orfebreria gòtica més gran de Catalunya, amb 1,60 metres d’alçada per un metre d’ample de braços. Malgrat que la seva decoració és gòtica, presenta encara la forma típica de les creus romàniques. Està construïda en fusta de roure recoberta per fines làmines d’argent daurat . Els medallons dels braços estan decorats amb pedres precioses i alguns camafeus reaprofitats d’època greco-romana. La creu presenta la figura de Crist crucificat amb quatre petits cercles en què s’hi representen els evangelistes al voltant dels seus braços. Als dos braços laterals hi apareixen Sant Joan i la Mare de Déu, a la part superior un àngel sostenint el sol i la lluna i a la inferior possiblement Adam o Llàtzer.

Durant l'estiu del 2008, restauradors del Centre de Restauració de Béns Mobles de Catalunya van procedir a restaurar la creu. En separar els medallons per assegurar-ne la seva subjecció es van localitzar uns documents a l’interior de la creu. Es tracta d’uns fragments de documents de finals del segle XIII o principis del XIV, que confirmen l’origen gironí de la creu, ja que s’hi poden llegir termes en català i en llatí, entre els quals destaca una referència a la Seu de Girona. Quan es retorni la creu a la canònica, aquesta s'ubicarà en la capella gòtica dels Rocabertí, que també s'està restaurant.

El segle XV va ser el moment en que es construeix el palau abacial i part de les muralles i fortificacions. El fet de ser un recinte fortificat va fer que durant les guerres entre el rei Joan II i la Generalitat es refugiessin al monestir tropes.

Durant molts anys el palau va restar abandonat, fet que en provocà la seva degradació. Des de fa ja alguns anys s'està rehabilitant l'edifici i restaurant les seves sales, per poder-les utilitzar per a fins culturals.

L'any 1794, durant l'ocupació francesa de l'Empordà a la Guerra Gran, el monestir fou saquejat, les tombes de l'església destrossades i es va perdre la biblioteca i l'arxiu.

L'any 1835 es produeix la desamortització de la canònica, passant l'església a ser parròquia i les dependències a mans particulars. Desprès de la guerra civil del 1936, el monestir va ser utilitzat com a caserna, moment en que es comencen a fer obres de consolidació del edifici. A partir del 1948 s'enderroquen les fortificacions situades a sobre de l'església i s'eliminen edificacions afegides del claustre.