La primera vegada que trobem documentat el santuari del Far és en el testament d’en Pere Jaume de Sesqueions, fill de Bernat del mas veí al Far, del 25 d’Agost de 1269. Segons la llegenda, la primitiva capella fou construïda per uns mariners, que estaven a punt de naufragar  i van veure el cim del Far i van prometre que si es salvaven aixecarien una ermita en honor a la mare de Déu.

El temple actual va ser edificat en el segle XV en estil gòtic, ja que l'anterior romànic es va esfondrar durant els terratrèmols que hi va haver en aquest segle. Està format per una sola nau, de planta rectangular i coberta amb volta apuntada.

En el segle XVII es va afegir una capella lateral en el costat esquerre, prop del presbiteri. També es va reformar la façana oest i es va bastir un nou campanar de torre, en l'angle nord-oest. Dos segles més tard, en 1884, es va construir una capella de similars característiques en el costat dret.

La imatge de la Mare de Déu del Far és una talla gòtica d'alabastre del segle XV. Com en moltes altres imatges gòtiques, que buscaven un major realisme, trobem a la Verge amamantant al seu fill.

Per no malmetre l'església, ni la imatge amb el fum dels nombrosos ciris que encenen els fidels, en 1999 es va construir un petit oratori en l'antiga cisterna i s'hi va col·locar una nova imatge de la Verge. 

Després d'haver estat abandonada durant uns anys, en 1970 es va restaurar el santuari i es va restablir el culte, al mateix temps que s'hi obria un restaurant. Val la pena acostar-se al santuari per gaudir de les impressionants vistes sobre el pantà de Susqueda i les Guilleries.