Trobem la primera referència d'aquest temple en un document de compra-venda d'uns terrenys situats junt a Santa Maria de Castelló, l'any 1007. Per tant, hem de suposar que en aquest indret existia un temple des de molt abans. L'any 1064 el temple fou reformat. L'edifici actual pertany a una reforma posterior, realitzada entre els segles XIII i XV. L'esplendor d'aquest nou temple sorprèn en una població tan petita com Castelló d'Empúries. En aquells moments, els comtes d'Empúries, feia dos segles que havien abandonat la vila costanera d'Empúries degut als nombrosos atacs dels pirates i volien recuperar la seu episcopal. Així doncs, van construir una catedral que en fos digna. Recentment ha rebut el reconeixement de basílica.

El temple actual es va començar a construir l'any 1261 però no es va acabar fins ben entrat el segle XV. Per tant el podem considerar com un edifici gòtic, tot i que podem veure alguns elements romànics.

Té tres naus, d'alçada similar, separades per unes grans columnes i capelles laterals.

A l'absis central podem trobar capelles radials.

Malauradament, el seu exterior és una de les parts més deteriorades del temple, que necessita una restauració urgent.

Les naus estan cobertes per voltes d'ogiva amb nervis i claus decorades, on es veuen representats escuts heràldics, motius florals o històries bíbliques. 

Destaca la construcció de les naus laterals, que en els dos primers trams més propers a la capçalera tenen la meitat d'alçada que a la resta del temple. Aquest va ser el tram que es va construir primer.

En una de les columnes d'aquest tram podem veure tres caps esculpits.

Pel que fa als elements romànics, podem veure una volta de canó a l'entrada de l'antiga sagristia. Però l'element més interessant és una doble pica baptismal, situada a l'entrada del temple. Està tallada en un únic bloc de pedra i està decorada amb uns arcs cecs de mig punt. És del segle XI i les tapes de fusta van ser recobertes de cuir l'any 1573.

També podem considerar romànic, malgrat que seria més correcte parlar de transició al gòtic el campanar.

Té l'estructura d'un campanar llombard amb finestrals amb columnes llises i capitells, de petites dimensions, decorats amb motius geomètrics i vegetals.

En els dos pisos inferiors s'obren tres finestres en cadascun dels seus murs.

En el superior, es repetia  aquesta disposició, però a finals del segle XVIII es van substituir les  finestres dels costats oest i est per  una i dues finestres de mig punt, respectivament.

Els diferents pisos estan separats per un fris de dents de serra i unes sèries d'arcs apuntats i amb decoració arabesca, clarament gòtics. Els arcs estan recolzats en mènsules, esculpides amb caps humans, motius vegetals i geomètrics.

Un cop més, ens hem de lamentar pel mal estat de conservació que pateix aquest element tant singular dins l'arquitectura catalana. Les bastides que té col·locades en el seu interior ens delaten la necessitat urgent d'actuar-hi, abans no sigui massa tard.

Malgrat no ser elements romànics, val la pena fer referència al retaule d'alabastre de l'altar major. és una de les joies del gòtic català. Destaca la imatge de la Verge de la Candelera, patrona de la vila. Encara es poden trobar restes de policromia en algunes imatges. Durant l'ocupació francesa el retaule va patir alguns desperfectes.

Per últim parlarem de la façana, que va ser la darrera part que es va construir. La portalada va ser esculpida al segle XV.

Està formada per sis arquivoltes, sota les que trobem als dotze apòstols. Algunes d'aquestes escultures són reproduccions de les originals, que pel seu deteriorament van ser substituïdes i actualment estan exposades a l'interior del museu.

En el timpà veiem representada l'adoració dels Reis d'Orient.

Val la pena donar una volta pel poble on podem trobar altres edificacions medievals destacables com la Llotja o el Consulat de Mar, el Palau dels comtes, la presó, el Convent de Santa Clara, el Convent de Sant Agustí o el Pont Vell.