El priorat de Santa Maria fou fundat l'any 1053 per Silvi Llobet, senyor de Cervià, sota la regla de Sant Benet. L'església es va dedicar a la Verge Maria, a l'arcàngel Sant Miquel, a Sant Pere i Sant Pau. Dos anys més tard el monestir passà a dependre del de Sant Miquel de la Clusa, en Itàlia. Aquesta dependència es va perllongar fins al segle XVI, quan passà a estar tutelat per Santa Maria de Ridaura. En el segle XVIII es va unir a Sant Pau del Camp, de Barcelona, situació que es va mantenir fins la desamortització de  1835 en que passà a mans particulars. 

L'església, situada en l'extrem nord del conjunt monàstic, té planta basilical de tres naus, capçades a l'est per un transsepte cobert amb volta de canó, que no talla la nau central però si les laterals. En ell s'obren tres absis semicirculars, el central més gran i més alt.

La nau central està coberta amb una volta de canó, reforçada per un únic arc toral, situat a l'alçada del transsepte, en la segona filera de pilars. Aquests tenen planta cruciforme, amb els braços paral·lels a la nau més llargs. Sorprèn veure que l'arc toral és molt més prim que el pilar en que descansa. També és curiós no trobar cap arc toral a l'alçada dels primers pilars. Això pot respondre a diferents etapes constructives i a la poca destresa dels diferents mestres d'obra.

La nau principal té el doble d'alçada que les laterals, un fet gens comú en els temples romànics catalans. La del costat nord està coberta amb volta de quart de cercle, mentre que la del costat sud té voltes d'arestes.

Els absis estan reforçats per uns pilars en forma de lesena. Aquestes formaven part de la decoració dels absis, que no es va arribar a completar, ja no es van fer els arcs cecs que havien de coronar els seus murs.

L'absis central està il·luminat gràcies a les tres finestres que es van obrir en el seu tambor. En els absis laterals trobem una única finestra de mig punt en la part central. Totes elles són esqueixades per la part interior. La part inferior té forma esglaonada.

La porta principal del temple es troba en el mur oest. Té la forma característica de les portes gironines del segle XII, formada per una obertura rectangular sobre la que trobem una llinda i timpà llisos, emmarcats per dos arcs de mig punt adovellats, l'exterior protegit per un senzill guardapols. En el timpà s'esculpí amb posterioritat un escut. La porta, tot i que la fusta correspon a la darrera restauració, encara conserva la forja de tradició romànica amb tiges acabades en volutes.

En la part interior es conserva el forrellat de la porta, que originàriament estava situat en l'exterior. El baldó està decorat amb incisions de figures geomètriques.

En el mur nord trobem una altra porta, de menors dimensions, formada per un senzill arc de mig punt. Es creu que aquesta porta comunicava amb el cementiri dels monjos. Durant segles ha estat cegada, però durant la darrera restauració es va tornar a obrir, convertint-la en una finestra. En el mur sud trobem una porta de les mateixes característiques, que comunica el temple amb el claustre.

El claustre està adossat al mur sud de l'església. Es creu que només es van edificar dependències en els costats sud i est. De les galeries originals només es conserva la del costat nord i una part de la del costat oest. La resta es van reformar durant l'època baix-medieval, suprimint les petites arcades per uns grans arcs de mig punt.

Els porxos de l'etapa alt-medieval estan formats per grups de quatre arcs de mig punt, recolzats en columnes amb els capitells mensuliformes, llisos i amb un collarí en la unió amb el fust de la columna.

En el Museu d'Art de Girona es conserven dos capitells procedents d'aquest claustre, si bé no són de la mateixa estructura i forma dels que es conserven in situ.

En el mur est del claustre es conserva una finestra geminada, avui cegada, que de ben segur comunicava amb una estança noble del cenobi, com podria ser la sala capitular. 

En l'actualitat el monestir és la seu de l'ajuntament de la vila i també s'hi allotgen alguns serveis socials.