Va ser construïda vora el castell i com a capella comtal. Es consagrà el 1055. En annexionar-se el comtat de Besalú al de Barcelona, el castell deixà de tenir la importància que havia tingut fins aleshores.  En 1137 el comte Ramon Berenguer III va cedir l'espai del castell i la seva capella als canonges de Santa Maria de Capellada, situada fora de les muralles als peus del turó on estava el castell. Aquesta canònica depenia del monestir de Sant Ruf d'Avinyó, fet que provocà algunes tensions entre els canonges vinguts d'Avinyó i els antics residents. Fou a partir del trasllat al castell que les desavinences van anar minvant. 

La petita capella del castell no era suficientment gran per a la comunitat de canonges i per aquest motiu es començà a edificar un nou temple en el segle XII.

L'any 1592 va ser secularitzada i transformada en col·legiata per ordre del papa Climent VII. A principis del segle XIX va ser abandonada degut al seu estat ruïnós. Amb la desamortització de 1835 es van vendre nombrosos elements decoratius, entre ells els capitells del claustre i les portalades, que han anat a parar a nombroses mans particulars.

Actualment només es conserva la capçalera i una part del creuer. De les restes es desprèn que ens trobem amb un temple amb tres naus acabades en tres absis semicirculars.  Aquests estaven decorats externament amb arcs cecs i columnes, la majoria de les quals han desaparegut amb el pas dels segles. En el cas de l'absis central foren substituïdes per contraforts, per garantir l'estabilitat de la capçalera. En la recent restauració, un pèl exagerada, s'han tornar a col·locar en aquells punts on havien estat sustretes.

La nau central estava coberta amb una volta lleugerament apuntada, mentre que el tram previ a l'absis té volta de canó, igual que el transsepte. També es conserva el primer arc former que separava la nau nord de la central, així com la base del primer pilar del sector sud.

En les columnes que es mantenen en peu encara es conserven vuit capitells. També es conserven in situ dos capitells més. La resta van ser víctimes de l'espoli. Tres d'ells formen part del fons del Museu Municipal de Besalú.

Cinc capitells més es conservaven en la col·lecció Gòdia. En 1994 els hereus de Francisco Gòdia van cedir al Museu Nacional d'Art de Catalunya aquestes peces, que actualment podem contemplar en una sala on es recullen capitells de diferents procedències.

La part més important de capitells la trobem just davant del monestir de Pedralbes de Barcelona, en un edifici conegut com el Conventet. En ell es conserven vuit capitells, les dues finestres del transsepte, la porta septentrional i el timpà de la porta principal.

La composició dominant és la d'un personatge centrat en cadascuna de les cares del capitell, que amb les mans agafa unes tiges que en els angles es converteixen en volutes. En els angles trobem àligues amb les ales oberte. Aquesta estructura es repeteix en alguns capitells amb petites diferències entre ells. La seva escultura prové de l'escola rossellonesa, amb forces similituds amb la que podem trobar a Sant Miquel de Cuixà.

Un altre motiu molt repetit és el de capitells de tipus vegetal, especialment de tradició coríntia, que estaven distribuïts a l'interior del temple. Completen el repertori iconogràfic àligues enfrontades, aus amb caps humans i quadrúpedes.

Dos d'aquests capitells es van reaprofitar per a confeccionar la portalada d'accés al conventet.

Els dos arcs de mig punt i l'arquivolta de bossell són de factura moderna, si bé les columnes i els capitells procedeixen de Santa Maria de Besalú, tot i que aquesta no era la seva funció original. Si que formava part de la portalada occidental de la canònica besalunenca el timpà esculpit que centra la portalada, on veiem al Crist en Majestat envoltat per les figures del Tetramorf. El conjunt està emmarcat per un fris de palmetes. 

Uns metres més amunt en la façana del conventet trobem una altra porta reaprofitada de Santa Maria de Besalú. En aquest cas es tracta de la porta que comunicava el temple amb el claustre. Està formada per dos arcs de mig punt adovellats i protegits per un guardapols llis. L'arc més interior està decorat amb una arquivolta que té un anellat de motius quadrats.

L'arquivolta es recolza en dues columnes amb els capitells esculpits. La decoració es perllonga pel muntant de l'arc exterior. En el capitell de l'esquerra podem veure dues aus enfrontades, sobre un fris de fulles d'acant. En el muntant trobem dos cercles estriats on s'inscriuen unes fulles de palma.

El capitell del costat dret està força més deteriorat, però encara es poden veure alguns dels motius vegetals amb que estava decorat. En el fris del muntant trobem lleons drets afrontats.

També es conserven en aquest edifici dues finestres, procedents del transsepte. Estan decorades amb una arquivolta, que es recolzen en columnes amb capitells esculpits. L'arc interior està decorat amb boles, tot i que no s'han conservat totes.

En una de les finestres els capitells són de tipus vegetal d'estil corinti. En l'altra finestra els capitells són figuratius amb lleons alats afrontats en un  i ocells en l'altre.

Es completa el conjunt d'elements procedents de Santa Maria de Besalú que podem veure en el conventet amb algunes mènsules esculpides, que es troben sota la teulada.

En el Museu d'Art de Girona es conserva una talla gòtica de la Mare de Déu als braços, procedent d'aquest temple. Està tallada en alabastre i encara conserva bona part de la seva policromia.