Les restes de l'antiga canònica es troben en la part més alta de la població de Besalú, on també s'aixecava el castell, que tenia la seva pròpia capella comtal dedicada a Santa Maria. El 12 d'abril de l'any 977, Miró Bonfill, comte de Besalú i bisbe de Girona, va fundar la canònica aquisgranesa de Sant Genís i Sant Miquel dins el recinte fortificat del castell de Besalú i la va oferir al papa Benet i a l'església de Roma, posant-la així directament sota la seva protecció. 

Anys més tard, en 998, el papa Gregori va emetre una butlla a petició del comte Bernat Tallaferro, nebot de Miró Bonfill, en que confirmava les donacions que havia fet el seu oncle a la canònica i les que havia fet el propi Bernat, entre les que hi figurava l'església de Santa Maria i Sant Joan, situada fora del castell.

El comtat de Besalú tingué un moment d'esplendor durant els anys en que Bernat Tallaferro en va ser el comte. Per aquest motiu va viatjar a Roma l’any 1016, per tal d'aconseguir del papa Benet VIII la creació d'una seu episcopal. El comte va ser obsequiat en aquest viatge pel sant Pare amb les relíquies de sant Esteve papa i un fragment de la Vera Creu. Un any més tard, Benet VIII va concedir la creació del bisbat de Besalú i es va establir com a catedral el temple canonical de Sant Genís i Sant Miquel, al que se li va afegir l'advocació de Sant Salvador. També va nomenar bisbe a Guifré, un dels fills del comte. D'aquesta manera la canònica passava a formar part del bisbat i Guifré en fou nomenat abat.

Malauradament, Bernat Tallaferro va morir en 1020, quan encara no s'havia consolidat la seu episcopal. Els bisbes de Girona i d'Urgell, principals afectats per la creació de la mitra besaluenca van aconseguir la seva extinció. Pels volts del 1027 part dels canonges i l'abat Gifré van marxar de Besalú i es van establir al monestir de Sant Joan de les Abadesses. Els pocs canonges que es van quedar en el castell es van refugiar al voltant de la capella comtal dedicada a Santa Maria, deixant sense funció el temple canonical.

Aquesta situació sembla que es va perllongar fins una data inexacta entre 1048 i 1055, moment en que es veu que les funcions de capella comtal i seu dels canonges en un edifici de reduïdes dimensions és inviable i es decideix recuperar l'antic temple de Sant Salvador, Sant Genís i Sant Miquel, per seguir complint amb les dues tasques: capella comtal i temple canonical. Sembla que entre 1052 i 1055, el comte Guillem II va signar una concòrdia amb el bisbe de Girona, afavorida per la mort de l'exbisbe Guifré en 1054. En aquest pacte, el comte va demanar al bisbe que consagrés l'altar principal del temple a Santa Maria. Es van mantenir les advocacions de Sant Miquel i sant Genís en un dels absis laterals, però van desaparèixer del "nom oficial de la canònica", que en endavant es coneixerà únicament com a Santa Maria

En 1084, el comte Bernat III va posar la canònica sota la protecció de Sant Ruf d'Avinyò, convertint-la en una comunitat agustiniana.

Gràcies a les excavacions que es van poder realitzar en aquest indret, sabem que el temple de Sant Genís i Sant Miquel era més curt i tenia la seva capçalera triabsidal a l'alçada de l'actual transsepte. En algun moment de finals del segle XII (vers 1180?) es decideix enrunar la capçalera del segle X i s'aixeca una de nova més monumental, però s'aprofitarien les naus del temple anterior. També es construeix un claustre i la torre campanar.

L'any 1592 la canònica va se secularitzada i transformada en col·legiata per ordre del papa Climent VII. Sembla que en a mitjans del segle XVIII es va esfondrar la volta de la nau principal i es va construir una coberta amb arcs de diafragma. A principis del segle XIX la col·legiata va ser abandonada degut al seu estat ruïnós. Amb la desamortització de 1835 el monestir i el castell van passar a mans privades, que amb el pas dels anys es van vendre elements decoratius, entre ells els capitells del claustre i del temple i les portalades, que van anar a parar a mans particulars i museus.

Actualment només es conserva la capçalera i una part del creuer del segle XII. De les restes es desprèn que ens trobem amb un temple amb tres naus acabades en tres absis semicirculars.  Aquests estaven decorats externament amb grans arcs cecs i columnes, la majoria de les quals han desaparegut amb el pas dels segles. En el cas de l'absis central, aquestes columnes van quedar ocultes per uns contraforts que es van haver de construir per garantir l'estabilitat de la capçalera. En la recent restauració, un pèl exagerada, s'han tornar a col·locar en aquells punts on havien estat sostretes columnes, mènsules i capitells sense cap decoració.

La nau central estava coberta amb una volta lleugerament apuntada, mentre que el tram previ a l'absis té volta de canó, igual que el transsepte. També es conserva el primer arc former que separava la nau nord de la central, així com la base del primer pilar del sector sud.

En les columnes que es mantenen en peu encara es conserven vuit capitells de temàtica vegetal. També es conserven in situ dos capitells més, tot i que en l'habitatge dels propietaris de la finca. La resta van ser víctimes de l'espoli. Tres d'ells formen part del fons del Museu Municipal de Besalú, al que malauradament, no hem pogut accedir en les nostres nombroses visites a la vila.

Cinc capitells més es conservaven en la col·lecció Gòdia. En 1994 els hereus de Francisco Gòdia van cedir al Museu Nacional d'Art de Catalunya aquestes peces, que actualment podem contemplar en una sala on es recullen capitells de diferents procedències.

La part més important de capitells la trobem just davant del monestir de Pedralbes de Barcelona, en un edifici conegut com el Conventet. En ell es conserven vuit capitells, les dues finestres del transsepte, la porta septentrional i el timpà de la porta principal.

La composició dominant és la d'un personatge centrat en cadascuna de les cares del capitell, que amb les mans agafa unes tiges que en els angles es converteixen en volutes. En els angles trobem àligues amb les ales obertes. Aquesta estructura es repeteix en alguns capitells amb petites diferències entre ells. La seva escultura prové de l'escola rossellonesa, amb forces similituds amb la que podem trobar a Sant Miquel de Cuixà.

Un altre motiu molt repetit és el de capitells de tipus vegetal, especialment de tradició coríntia, que estaven distribuïts a l'interior del temple. Completen el repertori iconogràfic àligues enfrontades, aus amb caps humans i quadrúpedes.

Dos d'aquests capitells es van reaprofitar per a confeccionar la portalada d'accés al conventet.

Els dos arcs de mig punt i l'arquivolta de bossell són de factura moderna, si bé les columnes i els capitells procedeixen de Santa Maria de Besalú, tot i que aquesta no era la seva funció original. Si que formava part de la portalada occidental de la canònica besaluenca el timpà esculpit, on veiem al Crist en Majestat envoltat per les figures del Tetramorf. El conjunt està emmarcat per un fris de palmetes. 

Uns metres més amunt, en la façana del conventet, trobem una altra porta reaprofitada de Santa Maria de Besalú. En aquest cas es tracta de la porta que comunicava el temple amb el claustre. Està formada per dos arcs de mig punt adovellats i protegits per un guardapols llis. L'arc més interior està decorat amb una arquivolta que té un anellat de motius quadrats.

L'arquivolta es recolza en dues columnes amb els capitells esculpits. La decoració es perllonga pel muntant de l'arc exterior. En el capitell de l'esquerra podem veure dues aus enfrontades, sobre un fris de fulles d'acant. En el muntant trobem dos cercles estriats on s'inscriuen unes fulles de palma.

El capitell del costat dret està força més deteriorat, però encara es poden veure alguns dels motius vegetals amb que estava decorat. En el fris del muntant trobem lleons drets afrontats.

També es conserven en aquest edifici dues finestres, procedents del transsepte. Estan decorades amb una arquivolta, que es recolzen en columnes amb capitells esculpits. L'arc interior està decorat amb boles, tot i que no s'han conservat totes.

En una de les finestres els capitells són de tipus vegetal d'estil corinti. En l'altra finestra els capitells són figuratius amb lleons alats afrontats en un  i ocells en l'altre.

Hi ha una tercera finestra de característiques similars, però una mica més petita. No es coneix la seva ubicació original, doncs no apareix en cap fotografia. Els seus capitells son de temàtica vegetal.

Es completa el conjunt d'elements procedents de Santa Maria de Besalú que podem veure en el conventet amb una vintena de mènsules esculpides, que es troben sota la teulada. Hi ha motius vegetals, caps d'animals, bèsties fantàstiques, un cap humà i un ésser alat al costat d'una serp.

Gràcies a una fotografia de 1912 de Josep Salvany, sabem que hi havia sis mènsules esculpides en cadascun dels absis laterals, vuit en el central i també en el mur est del transsepte. Algunes d'elles eren llises, però la majoria estaven esculpides.

En el Museu d'Art de Girona es conserva una talla gòtica de la Mare de Déu amb el Nen als braços, procedent d'aquest temple. Està tallada en alabastre i encara conserva bona part de la seva policromia.