L’església de Santa Maria de Fenals d’Amunt és la més antiga de la zona. De fet ja existeixen notícies seves l’any 968, en un precepte del rei Lotari. El 1016 el monestir de Sant Feliu de Guíxols la rebé, entre d’altres propietats, de mans dels comtes Borrell i Ermessenda. En un document de 1041 torna a aparèixer l'església de Fenals en el document de donació del Castell de Benedormiens al monestir de Sant Feliu de Guíxols, com un dels límits de tal donació. Altres documents del segle XII citen també l’església i llur relació amb l’important centre monàstic de Sant Feliu.

La seva situació, allunyada del mar i de les terres més productives de la Vall d’Aro, provocaren el seu progressiu abandonament i la construcció, segles més tard, de la nova església de Fenals, a Fenals d’Aro. Aquest abandonament s'agreujà a principis del segle XV, quan un terratrèmol enfonsà un tram de la volta de canó. Cap al 1438 sembla que es posaren a la venda uns terrenys prop de l’església per a construir-ne una de nova en un altre indret, però la mort del rector cap a 1444 en paralitzà el procés. El nou temple es va construir en el segle XVII i a ell es van traslladar les funcions parroquials, cosa que va accentuar l’abandonament del temple romànic. De fet a mitjans del segle XVIII el conjunt estava tan deteriorat que amenaçava d’ensulsir-se i es va abandonar definitivament el culte.

Fins no fa gaires anys encara s’hi veien estris de llaurar de la masia propera, Mas dels Monjos, i restes de reixes per a les gàbies de bestiar. D’ençà de la seva adquisició per l’ajuntament de Santa Cristina d’Aro en 1996, Santa Maria ha recuperat part de la que devia ser la seva fisonomia originària gràcies a la seva restauració.

El temple consta d’una sola nau, rematada a l'est per absis semicircular. Aquest va patir diverses mutil.lacions en època moderna, una de les quals consistí en una obertura inferior a la seva banda de migdia,  que en la darrera restauració ha  estat tapada.

Aquest està decorat amb sis bandes i amb cinc conjunts d’arcuacions cegues i una petita finestra amb arc de mig punt.

La nau està coberta amb volta de canó, tot i que també hi podem veure un petit espai a mena de presbiteri cobert per la mateixa volta. Per la situació amb lleugera pendent, l’absis té una mena de sòcol que l’enlaira i l’equipara en alçada a la resta de la nau.

En el mur sud s’hi disposava la primitiva portada romànica, si bé l'actual arc adovellat ha estat col·locat en la darrera restauració.  També en aquest mur s'obren dues finestres de mig punt i doble esqueixada.

Al mur de migdia s’obre també una altra obertura de grans dimensions. Hom pensa que podria ser el pas a un absis o capella lateral però el no trobar cap indici de la construcció fa pensar en altres usos.

Es tracta d'un edifici típic del segle XI, en el que per a la seva construcció no s’empraren carreus regulars sinó pedres de diverses mides, irregulars, que en certes parts estan muntades sense gaire encert.