No es fins l'any 1155 que trobem una referència escrita que ens parli de l'església de Santa Maria de les Encies.  El lloc de les Encies era un domini del castell d'Hostoles, si bé la parròquia depenia del bisbe de Girona.

En el segle XVII la vall d'Hostoles era una batllia reial, que comprenia entre altres llocs, la parròquia de les Encies. És precisament en aquest moment, quan es reforma profundament el temple en estil barroc.

A la primitiva nau romànica es van afegir diverses estances i edificacions pel costat de tramuntana.  Del primer temple es va aprofitar la capçalera i gran part dels murs laterals, si bé els arrebossats i les construccions posteriors fan difícil la datació dels seus paraments.

L'absis és semicircular i presenta una decoració llombarda, amb arcs cecs, lesenes i un fris de dents de serra. Posteriorment es va sobrealçar l'absis i es van cegar les seves finestres.

Fins l'any 1936 es venerava una talla policromada romànica de la Mare de Déu, que presidia un retaule barroc.